(二)RIP 和 RIP-ChIP/seq RNA 免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)是一项用于检测蛋白与特异性非编码RNA之间相互作用的技术。能与特定蛋白发生结合并被沉淀下来的RNA,可以通过实时定量PCR的方法进行鉴定。 RIP的原理和ChIP很类似。有研究者通过RIP的研究方法发现Kcnq1ot1既能与H3K9 甲基转移酶结合又能与PRC2 ...
测序分析显示AGR2在LINC02273缺失细胞中的水平明显降低,且LIN02273结合于AGR2转录起始位点(TSS)上游1756-2150 bp。进一步的ChIP-seq发现LINC02273的敲除会导致转录激活组蛋白H3K27ac和H3K4me3的降低。表明LINC02273结合AGR2启动子区,至少部分通过增强染色质H3K4me3和H3K27ac修饰来促进AGR2的转录激活。
包括染色质组蛋白变化(ChIP-Seq/ChIP-on-chip/ChIP-qPCR等)、RNA结合蛋白变化(RIP-Seq等)、“miRNA”海绵效应(miRNA表达谱芯片等)等,以确认lncRNA过表达对细胞的影响;而在进行功能缺失研究时,则主要采用RNAi的方法,包括设计siRNA、构建shRNA载体等手段,沉默lncRNA,再考察细胞变化。
lncRNA分析跟常见的mRNA-seq分析重合度很高,无非也是把测序的fastq文件mapping到参加基因组,获取转录本信息,转录本表达定量,表达量的差异分析,比较新的分析就是把转录本分成了lncRNA和mRNA,这样可以考虑它们之间的互相作用,也可以在实验设计的时候加入miRNA和CHIP-seq,这样多种数据结合分析,显得更高大上一点,也能更好...
综合基因组学观察器(IGV)可视化ChIP-seq数据显示，在四种HCC细胞系中，FASRL基因上游存在一个超增强子峰，但在正常肝组织中没有。进一步研究发现，其表达由上游TF USF1通过超级增强子驱动。FASRL在HCC组织中表达上调，其高表达与较差的总生存期相关。在体外，研究人员发现敲低FASRL表达显着抑制了HCC细胞的增殖和迁移...
为了进一步研究和解析目标lncRNA的作用机制，可以使用多种技术，如ChIRP、RIP、ChIP-seq、双荧光素酶、...
关键技术:H3K27me3 ChIP-seq、ChIP-qPCR、RNA-seq、RIP-seq研究背景 由慢性高血压,遗传易感性或主动脉瓣狭窄引起的病理性肥厚导致适应性重塑不良,并常常伴随着心室功能障碍,继而导致心力衰竭和死亡。有报道一些长链非编码RNA(lncRNA)在心脏肥厚中起关键作用。
RNA-seq分析证实,一系列HIF-1α靶向糖酵解基因(如Hk1,Ldha和Slc2a1)在lnc-Dpf3沉默的DCs中被上调。此外,EMSA和ChIP分析表明mDCs中lnc-Dpf3的沉默或缺失可增加mDCs中Ldha基因启动子区HIF-1α的DNA结合活性和积累。表明lnc-Dpf3能够减弱CCR7诱导的HIF-1α活性和糖酵解基因Ldha的表达。
为了解哪些转录因子受TET2 LOF的影响最大，他们分析已发布的ChIP-seq数据集【4】，发现EGR1在表达差异最大，随即在两种人白血病细胞系中验证了EGR1对MALAR1的抑制，证明EGR1的下调与MALAT1表达的上调相关，但与NEAT1的表达上调无关。此外，他们还发现仅骨髓单个核细胞（BMNC）中的MALAT1缺失就足以完全减弱TET2 LOF...
这些lncRNA与RNA - seq鉴定的T47D细胞系( FC≥2 , P < 0.05)中214个FOXA1诱导的lncRNA重叠。然后使用ENCODE数据集中的ChIP - seq数据,分析了5个lncRNA在启动子区域与FOXA1的潜在关联。(四) DSCAM - AS1在肿瘤组织和正常组织中的表达水平。每个点代表一个组织样本。(五) DSCAM - AS1在癌细胞系百科全书...