测序分析显示AGR2在LINC02273缺失细胞中的水平明显降低,且LIN02273结合于AGR2转录起始位点(TSS)上游1756-2150 bp。进一步的ChIP-seq发现LINC02273的敲除会导致转录激活组蛋白H3K27ac和H3K4me3的降低。表明LINC02273结合AGR2启动子区,至少部分通过增强染色质H3K4me3和H3K27ac修饰来促进AGR2的转录激活。
研究团队在HCC中发现了一种新的超增强子相关的lncRNA，将之命名为FASRL。综合基因组学观察器(IGV)可视化ChIP-seq数据显示，在四种HCC细胞系中，FASRL基因上游存在一个超增强子峰，但在正常肝组织中没有。进一步研究发现，其表达由上游TF USF1通过超级增强子驱动。FASRL在HCC组织中表达上调，其高表达与较差的总生存...
值得注意的是,mDCs中lnc-Dpf3的沉默或缺失增加了CCR7刺激诱导的HIF-1α的核转位,而不影响细胞间总HIF-1α的丰度。RNA-seq分析证实,一系列HIF-1α靶向糖酵解基因(如Hk1,Ldha和Slc2a1)在lnc-Dpf3沉默的DCs中被上调。此外,EMSA和ChIP分析表明mDCs中lnc-Dpf3的沉默或缺失可增加mDCs中Ldha基因启动子区HIF-1α...
关键技术:H3K27me3 ChIP-seq、ChIP-qPCR、RNA-seq、RIP-seq研究背景 由慢性高血压,遗传易感性或主动脉瓣狭窄引起的病理性肥厚导致适应性重塑不良,并常常伴随着心室功能障碍,继而导致心力衰竭和死亡。有报道一些长链非编码RNA(lncRNA)在心脏肥厚中起关键作用。
B. 通过CHIP和荧光素酶报告基因实验,验证MyoD可介导lncMyoD的转录激活,从而上调lncMyoD表达。 4、筛选lncMyoD下游调控靶基因 A. 为寻找lncMyoD调控的下游靶基因,通过RNA pulldown检测到IMP2蛋白; B. lncMyoD 表达沉默后IMP2蛋白水平上调。(研究发现IMP2蛋白能直接结合并调控IMP2 mRNA,从而增加其自身mRNA的稳定性...
RIP-Chip 和 RIP-seq 则是将传统的RIP技术与芯片技术及高通量的测序技术相结合。通过这两项技术,可以实现一个蛋白与多个RNA之间相互作用的鉴定。染色质修饰复合物(Chromatin-modifying complex),例如Polycomb 蛋白家族,在细胞的功能及人类的疾病中起到了重要的作用。很多lncRNA能与染色质修饰复合物相互作用并调控基因...
为了进一步研究和解析目标lncRNA的作用机制，可以使用多种技术，如ChIRP、RIP、ChIP-seq、双荧光素酶、...
(1) ChIPBase:提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ (2)LNCipedia:对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站:http...
这些lncRNA与RNA - seq鉴定的T47D细胞系( FC≥2 , P < 0.05)中214个FOXA1诱导的lncRNA重叠。然后使用ENCODE数据集中的ChIP - seq数据,分析了5个lncRNA在启动子区域与FOXA1的潜在关联。(四) DSCAM - AS1在肿瘤组织和正常组织中的表达水平。每个点代表一个组织样本。(五) DSCAM - AS1在癌细胞系百科全书...
比如去年6月《Nature Communications》上的一篇文章,作者通过lncRNA cis调控分析发现了单核细胞系受细菌脂多糖应激后一个与炎症反应相关的基因lL1β相邻小于5kbp的距离的两条lncRNA——lL1β-eRNA和lL1β-RBT46,其中一条还是eRNA,然后通过QPCR,chip-seq,细胞亚定位分析,Knock down等实验验证了该lncRNA的功能。