结合ChIP-seq分析,观察到ΔBcdim5在Bcstc3的外显子区域中H3K9me3占据增加,而在Bcpks1和Bcpks10的外显子区域中H3K9me3占据减少(图5A-D)。此外,在Bchda1-OE-X24菌株中,五个聚酮合酶Bcpks6、Bcpks9、Bcpks11、Bcpks1和Bcpks21基因的转录水平均增加。ChIP-qPCR分析显示Bcpks6和Bcpks21基因的启动子区域中...
2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点富含凋亡靶点。且肝脏不能上调这些基因并不是因为基因占有率降低。小鼠模型实验表明,p53的C末...
本研究通过简化基因组甲基化测序(RRBS)和对应的转录组测序(RNA-seq)分析发现IDH1-R132H突变会使得NDUFA1启动子区甲基化增加,导致其表达下调,抑制了NDUFA1和FSP1之间的相互作用,从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将泛醌还原为泛醇的能力,线粒体ROS和脂质过氧化物的积累,进而加剧顺铂诱导的肾小管上皮细胞氧化损伤...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
通过串联染色质亲和纯化(TChAP)或染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)实验确定的E2FA、E2FB和SOG1的靶基因时,作者发现,与偶然预期相比,两个E2F转录因子中的至少一个也靶向了更多的SOG1靶基因(图1A)。其中,WEE1基因编码一种参与复制胁迫反应的细胞周期抑制激酶。有趣的是,在sog1突变体中,在羟基尿素(HU)诱导的复制...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
ChIP-seq 基本原理 染色体免疫共沉淀(ChIP ,Chromatin Immunoprecipitation)结合高通量测序技术(NGS)用于分析转录因子,以及其他染色质相关蛋白影响生物体表型变化的机制。研究DNA与蛋白质互作如何调节基因表达对于理解许多生物学过程以及疾病的发生机制具有重要意义。ChIP-seq当前主要应用于两个方面:一方面,转录因子与DNA序列的...
易基因|ChIP-seq和 RNA-seq联合分析 2022年2月17日,《Mol Metab》杂志在线发表了题为“Sperm histone H3 lysine 4 tri-methylation serves as a metabolic sensor of paternal obesity and is associated with the inheritance of metabolic dysfunction”的研究论文,该研究通过转录组测序(RNA-seq)和染色质免疫共...
BETA整合ChIPseq和RNAseq 前些天,生信技能树表观转录调控之ChIP-seq和RNA-Seq联合分析介绍了一篇文献取ChIP-seq和RNA-seq数据的交集进行联合分析,小编在底下留言提到了刘Shirley实验室出品的几款整合分析工具,其中有一个BETA软件。本文就此工具做一个使用介绍。
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...