除了ABA基因簇外,作者还对另外两个已知的毒力因子(BOT和BOA)进行了分析。RNA-seq数据显示,ΔBchda1菌株中BOA和BOT基因簇的表达水平保持不变。然而,在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15、Bcboa16、Bcboa17以及整个BOT基因簇(Bcbot1-5)的表达水平下调。IGV显示在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15和Bcboa16基因...
结合Chip-seq和RNA-seq,可以研究转录因子与其调控的靶基因之间的关系,以及基因上调或下调的机制。 2️⃣ ATAC-seq 🚪 ATAC-seq用于测量开放染色质区域。通过与Chip-seq结合使用,可以更准确地确定转录因子的结合位点,并了解染色质的开放状态与转录因子结合之间的关系。 3️⃣ ChIA-PET 🧬🔗 ChIA-PET(染...
首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转...
E2F结合上调基因列表中富集的GO类别主要指DNA修复、重组修复以及对伽马辐射和X射线的反应。从下调基因和上调基因中选择一些基因进行定量 RT-PCR分析,证实了 RNA-Seq 的结果(图8B,C)。值得注意的是,在e2fa-2 e2fb-1双突变体中上调的PARP1和SMR7基因的表达在e2fa-2 e2fb-1 sog1三重突变体中受到抑制。与没...
设计主要技术:Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq、4C-seq等 1.在EBV和NPC宿主基因组之间鉴定了EBV相互作用区域 为了探索宿主和EBV基因组之间的染色质相互作用,作者对原代EBV阳性NPC细胞系C666-1进行了环状染色体构象捕获测序(4C-seq)(图1a)。由于EBV基因组的oriP区域与EBNA1介导的宿主基因组相互作用,作者在oriP区域附近...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
T7 RNA Pol的染色质免疫沉淀显示在pT7处有强富集,而RNA-seq分析进一步证实了这种人工TU的强诱导作用(图2b)。由于T7 RNA Pol对细菌RNA Pol抑制剂利福平不敏感,作者推断用该药物治疗细胞应该突出由T7启动子诱导的单个转录单位,因为全基因组转录被关闭。在利福平存在的情况下,RNA-seq和T7 RNA pol染色质免疫沉淀...
ChIP-seq 分析流程 (1) 质控。与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对比对结果进行排序,以及去除PCR...
重头戏是ChIP-seq和RNA-Seq联合分析 其实就是取交集,因为ERα 的ChIP-seq数据得到的peaks对应的基因是已知并且固定的,所以把这个基因拿去跟转录组的差异分析上下调基因分别去取交集,做韦恩图,其中一个交集如下所示: 其中一个交集如下所示 并且对交集后的基因列表进行再次生物学功能数据库注释以及motif查看。
两个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥...