全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation ...
2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点富含凋亡靶点。且肝脏不能上调这些基因并不是因为基因占有率降低。小鼠模型实验表明,p53的C末...
RNA-seq和ChIP-seq的联合分析揭示了BcDIM5和BcHda1缺失导致H3K9me3修饰的正态分布和水平出现显著的全局缺陷。研究结论认为ABA基因簇由BcDIM5和BcHda1共同调控,对B. cinereaTB-31 ABA基因簇H3K9me3的正态分布至关重要。这项工作扩展了我们对ABA生物合成复杂调控网络的理解,为高产ABA菌株的遗传改良提供了理论基础。
这样最终可以得到2个文件,distal.fa和proximal.fa,然后再MEME中进行分析 对proximal进行分析,找到了32个motif chipseq和rnaseq联合分析 shared_up_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,up_genes) shared_down_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,down_genes) venn.diagram(x=list('chipseq...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
RNA-seq和ChIP-seq显示p53辐射反应具有共有性和组织特异性肝脏p53靶向凋亡靶基因,但不能调控其表达p53C末端抑制肝细胞凋亡基因,具有放射抗性p53C末端是肝脏特异性基因对辐射反应所必需的 …
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation...
易基因|ChIP-seq和 RNA-seq联合分析 2022年2月17日,《Mol Metab》杂志在线发表了题为“Sperm histone H3 lysine 4 tri-methylation serves as a metabolic sensor of paternal obesity and is associated with the inheritance of metabolic dysfunction”的研究论文,该研究通过转录组测序(RNA-seq)和染色质免疫共...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation...