所以大家需要自己从这个文章里面的ChIP-seq和RNA-Seq的原始fastq文件开始,下载后,自己走我们的两个流程。就是前面的: 学徒第2月,RNA-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码:p6fo 学徒第4月,ChIP-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 ...
除了ABA基因簇外,作者还对另外两个已知的毒力因子(BOT和BOA)进行了分析。RNA-seq数据显示,ΔBchda1菌株中BOA和BOT基因簇的表达水平保持不变。然而,在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15、Bcboa16、Bcboa17以及整个BOT基因簇(Bcbot1-5)的表达水平下调。IGV显示在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15和Bcboa16基因...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation ...
结论: 本研究利用染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 和转录组测序(RNA-seq)技术,表明精子 h3k4me3可能作为一种代谢传感器,通过胞衣将父方的饮食与后代的表型联系起来。这种基于非 DNA 的遗传知识有可能提高我们对环境如何塑造遗传力的理解,并可能导致预防疾病的新途径。 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) ...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
BETA整合ChIPseq和RNAseq 前些天,生信技能树表观转录调控之ChIP-seq和RNA-Seq联合分析介绍了一篇文献取ChIP-seq和RNA-seq数据的交集进行联合分析,小编在底下留言提到了刘Shirley实验室出品的几款整合分析工具,其中有一个BETA软件。本文就此工具做一个使用介绍。
BETA是RNA-seq和ChIP-seq联合分析的工具。BETA适用于哺乳动物,人或者老鼠转录因子的分析。在哺乳动物实验系统中,基因表达变化和转录因子结合之间的一致性通常很难解释。首先,因子结合位点和靶基因通常缺乏一对一的关系。相同的因子可以结合在近端启动子也可以在下游数百千碱基之间的任何位置来调控基因的表达。或者,同一...
在所有情况下,通过ChIP-seq量化,作者观察到短距离接触、转录轨迹和T7 RNA Pol之间的良好相关性(Spearman相关性在0.62和0.91之间)(图3,第一到第三行)。首先,与观察到相邻TU之间相互作用的天然TU相反(图1b),未观察到T7 TU对之间的相互作用(图3b-f)。其次,弓形条纹图案似乎受到启动子相对于彼此的取向的影响。
作者重新分析了已发表的RNA-seq数据,研究了由于FMR1(和FMRP)敲除而导致的小鼠胚胎神经元中基因的下调和上调。在具有ML CGG扩增的FXS iPSC-NPCs中,被BREACHes抑制的基因在FMR1敲除小鼠的胚胎神经元中通常不被抑制(图7A-7C)。作者的数据表明,在ML CGG扩增的细胞系中,BREACH沉默的基因可能独立于由于FMRP及其下游信号...
(H)ChIP-seq Heatmap 。(I)H3K27me3 ChIP-seq 读取密度。(J)负调控 H3K27me3 的NEXT复合物示意图。 二、ZCCHC8通过RNA促进PRC2核心亚基的染色质募集 PRC2是唯一发现的具有H3K27me3催化活性的复合物,Western blotting结果证实,PRC2核心亚基EZH2、SUZ12、EED和RBBP4的表达水平不受 ZCCHC8敲除(ACHNZCCHC8...