RNA-seq和ChIP-seq的联合分析揭示了BcDIM5和BcHda1缺失导致H3K9me3修饰的正态分布和水平出现显著的全局缺陷。研究结论认为ABA基因簇由BcDIM5和BcHda1共同调控,对B. cinereaTB-31 ABA基因簇H3K9me3的正态分布至关重要。这项工作扩展了我们对ABA生物合成复杂调控网络的理解,为高产ABA菌株的遗传改良提供了理论基础。
该研究作者通过ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得了转录因子CsAtf1的靶基因CsCyp51G1,通过研究进一步揭示了暹罗炭疽菌对咯菌腈反应的作用机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq、RNA-seq的技术支持。 研究思路 研究结果 一、CsAtf1调控的下游靶基因的鉴定 为了深入了解CsAtf1的调节功能,对野生型和∆CsAtf1突变株进行转录...
然而,肝脏显示出强大的p53靶基因反应 图1E/F:野生型和p53缺失小鼠均未接受或接受2 Gy的X射线照射,进行RNA-seq分析。 图1G:对相应组织进行ChIP-seq分析,以确定p53的占据位点。 图1H/I:整合RNA-seq与ChIP-seq数据,挖掘表达水平显著改变同时也有相关peak的基因,以鉴定真正的p53靶点。 (2)X射线诱导p53直接转录靶...
这样最终可以得到2个文件,distal.fa和proximal.fa,然后再MEME中进行分析 对proximal进行分析,找到了32个motif chipseq和rnaseq联合分析 shared_up_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,up_genes) shared_down_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,down_genes) venn.diagram(x=list('chipseq...
样本实验:ChIP-seq、RNA-seq、表型实验+代谢实验+内脏脂肪库称重、数据分析 背景意义: 全球范围内肥胖和II型糖尿病的流行率增长表明其主要驱动因素是环境而不是基因。接触高脂肪饮食和有毒物质,以及微量元素缺乏,会影响我们和子孙后代的健康。环境和健康之间的一个联系是表观基因组。揭示基因组信息是如何通过表观遗传...
重头戏是ChIP-seq和RNA-Seq联合分析 其实就是取交集,因为ERα 的ChIP-seq数据得到的peaks对应的基因是已知并且固定的,所以把这个基因拿去跟转录组的差异分析上下调基因分别去取交集,做韦恩图,其中一个交集如下所示: 其中一个交集如下所示 并且对交集后的基因列表进行再次生物学功能数据库注释以及motif查看。
作者重新分析了已发表的RNA-seq数据,研究了由于FMR1(和FMRP)敲除而导致的小鼠胚胎神经元中基因的下调和上调。在具有ML CGG扩增的FXS iPSC-NPCs中,被BREACHes抑制的基因在FMR1敲除小鼠的胚胎神经元中通常不被抑制(图7A-7C)。作者的数据表明,在ML CGG扩增的细胞系中,BREACH沉默的基因可能独立于由于FMRP及其下游信号...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation...
使用阿拉伯糖、利福平处理并用Hi-C和RNA-seq分析T7 RNA-Pol诱导指数生长的细胞。在所有情况下,通过ChIP-seq量化,作者观察到短距离接触、转录轨迹和T7 RNA Pol之间的良好相关性(Spearman相关性在0.62和0.91之间)(图3,第一到第三行)。首先,与观察到相邻TU之间相互作用的天然TU相反(图1b),未观察到T7 TU对之间...
有一个老师问,目前已经有了一个转录因子ChIP-seq的结果,之前也有做过RNA-seq,但是他不知道怎么可以更好的利用这两者数据进行深入的挖掘分析。正好想起来前几天内部交流的一个PPT,恰好可以解决老师的问题,讲的正是ChIP-seq和RNA-seq联合分析的内容。下面我们就来分享一下这个神器。