空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
图2 通过RNA-seq鉴定的PDAC细胞的转录亚型 对相邻间质的基因表达数据进行类似的聚类分析,分为三种间质亚型(S1-S3),(图3A)中一种是由单个样本定义的(图3A,TOP),因此进一步的分析是基于聚类产生由274个基因指定的。与癌症亚型分析一样,GSVA是对相邻间质的亚型进行的,S1亚型与发育和细胞分化有关,S2亚型与抗原处...
2.LCMC3研究的思路很明确,做最大人群的II期单臂临床,搞最广的单药新辅助免疫临床数据。老三步总结下来可以说是:临床有效性安全性分析+外周血免疫细胞与疗效评价+原发灶bulk RNA-Seq测序+TMB+单细胞。 可以回顾一下既往的Neostar研究,对比一下在新辅...
2.LCMC3研究的思路很明确,做最大人群的II期单臂临床,搞最广的单药新辅助免疫临床数据。老三步总结下来可以说是:临床有效性安全性分析+外周血免疫细胞与疗效评价+原发灶bulk RNA-Seq测序+TMB+单细胞。 可以回顾一下既往的Neostar研究,对比一下在新辅助...
最近,来自德国EMBL-EBI的单细胞大牛Andreas Trumpp和Simon Haas等人在BioRxiv预印本上发表了结合scRNAseq和LCM-seq来分析骨髓的内环境的最新研究成果: 一、研究人员首先通过scRNAseq分析骨髓中存在的不同细胞类群 1.实验设计: 2. 使用Seurat包进行分析,值得学习的地方是如何确定细胞类群: 3. 确定了骨髓中存在的32...
Bulk RNA-seqhttps://www.youtube.com/watch?v=UgslMZ74ums Cellar heterogeneity细胞异质性的原因是morphology&genome&transcription&proteome,Cellar heterogeneity细胞异质性导致tumor。对于tumor使用PD1/PDL1无效,现在依据个性化需要使用single cell analysis,人群队列。
Research-use reagents and kits for the complete LCM workflow—from identifying and selecting cells to isolating and purifying RNA and DNA. LCM slides & accessories A suite of slides and accessories to enable research on live cells using your Arcturus LCM System. Laser capture microdissection applicat...
单细胞RNAseq受成本等因素限制,所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右,而流式质谱技术一次(单样本)就可分析至少10^5的细胞,实现了数量级的提高,且成本不高于单细胞RNAseq。 ③应用前景大 a)流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化,在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景; b)将金属标签技术与其...