应用技术:LCM、RNA-seq 研究结论:通过LCM和RNA-seq技术鉴定出四种癌细胞亚型(C1-C4)和三种癌旁间质亚型(S1-S3),这些间质特异性亚型与DFS相关。选取13个基因进行预后分类,并通过573名患者的独立验证集和开发的RNA-ISH方法验证了其预后评估价值。 一、研究背景 胰腺导管腺癌(PDAC)是人类最致命的癌症之一,与PDAC相...
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
最近,来自德国EMBL-EBI的单细胞大牛Andreas Trumpp和Simon Haas等人在BioRxiv预印本上发表了结合scRNAseq和LCM-seq来分析骨髓的内环境的最新研究成果: 一、研究人员首先通过scRNAseq分析骨髓中存在的不同细胞类群 1.实验设计: 2. 使用Seurat包进行分析,值得学习的地方是如何确定细胞类群: 3. 确定了骨髓中存在的32个...
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
Bulk RNA-seqhttps://www.youtube.com/watch?v=UgslMZ74ums Cellar heterogeneity细胞异质性的原因是morphology&genome&transcription&proteome,Cellar heterogeneity细胞异质性导致tumor。对于tumor使用PD1/PDL1无效,现在依据个性化需要使用single cell analysis,人群队列。
采用金属标记抗体技术,避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征,百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。 ②分析数量大,成本较低 单细胞RNAseq受成本等因素限制,所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右,而流式质谱技术一次(单样本)就可分析至少10^5的细胞...
此外,研究人员还发现Adipo-CAR和Osteo-CAR这两类细胞是主要的cytokine和growth factor的来源,并通过开发新算法RNA Magnet,能够重新构建骨髓中主要细胞类群的空间分布。 总结一下: