应用技术:LCM、RNA-seq 研究结论:通过LCM和RNA-seq技术鉴定出四种癌细胞亚型(C1-C4)和三种癌旁间质亚型(S1-S3),这些间质特异性亚型与DFS相关。选取13个基因进行预后分类,并通过573名患者的独立验证集和开发的RNA-ISH方法验证了其预后评估价值。 一、研究背景 胰腺导管腺癌(PDAC)是人类最致命的癌症之一,与PDAC相...
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
空间转录组(Spatial Transcriptomics)用以研究不同空间位置特定细胞类型的表达谱,基于激光显微切割(LCM)的空间转录组技术LCM-RNAseq鉴于LCM的单细胞分辨率,在切割目标组织中细胞的同时,可以获得组织中细胞的空间位置信息,结合转录组测序,可用于空间转录组研究。
cell resolution,David Scadden组2019年6月发表在Cell上的A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia,以及上个月发表在Cell Report上的Mapping Distinct Bone Marrow Niche Populations and Their Differentiation Paths等文章,都使用了单细胞转录组技术来深入了解骨髓内环境中各种类型细胞...
用佛甲草Actin基因特异引物SEQIDNo.5:5'-GAACTTACTAGCCGACTG-3',SEQIDNo.6:5'-CCTCAAGCCTTATACGCAA-3',PCR扩增,以验证反转录反应及RNA质量。PCR反应体系如下: 反应条件:94°C3min;94°C30s,40°C30s,72°C50s,35cycles;72°C5min。 3).佛甲草SLLCM基因片段PCR扩增 利用TakaraRACEkit扩增得到的SLLCM...
Bulk RNA-seqhttps://www.youtube.com/watch?v=UgslMZ74ums Cellar heterogeneity细胞异质性的原因是morphology&genome&transcription&proteome,Cellar heterogeneity细胞异质性导致tumor。对于tumor使用PD1/PDL1无效,现在依据个性化需要使用single cell analysis,人群队列。
长读长单细胞RNA异构体测序(scISO-Seq)可以揭示单个细胞中的转录本剪接等结构变异研究,但仍存在测序通量低、研究成本高等瓶颈,且转录本测序深度覆盖度低,分析结果相对不准确。该研究突破关键技术瓶... 高通 DNA 华大基因 转录组 深圳华大基因科技有限公司 深圳华大基因股份有限公司 北京拜克洛克科技有限公司 搜狐...
此外,研究人员还发现Adipo-CAR和Osteo-CAR这两类细胞是主要的cytokine和growth factor的来源,并通过开发新算法RNA Magnet,能够重新构建骨髓中主要细胞类群的空间分布。 总结一下: