RNA测序技术(RNA-seq)通过全组织匀浆取样策略获得全局性基因表达谱,其核心优势在于高测序深度(通常>50M reads/sample)带来的高灵敏度与定量准确性。实验数据表明,在相同测序通量条件下,RNA-seq的基因检测灵敏度可达单细胞测序技术的5-8倍,且通过改进建库策略(如SMART-seq、UMI标记等),其检测下限可延伸至单拷贝/
简述RNA-seq技术进行转录组学分析的原理。 答案 利用高通量测序技术对转录组进行测序分析,对测序得到的大量原始读长(reads)进行过滤、组装及生物信息学分析的过程被称为RNA-Seq。对于有参考基因组序列的物种,需要根据参考序列进行组装,对于没有参考序列的,需要进行从头组装,利用大量读长之间重叠覆盖和成对读长的相对位...
RNA免疫共沉淀—RIP-seq(RNA Immunoprecipititation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,分离纯化捕获的RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的...
(3)从转录组和代谢组角度看,空间代谢组的数据验证了之前基于bulk RNA-seq、scRNA-seq、ST-seq数据分析推测的基因对脂质代谢通路的影响的功能。 研究中应用的多种前沿组学技术和分析内容,基迪奥均具备相应的检测和生信分析能力,欢迎留言咨询,和基迪奥一起用更精准的转录组和代谢组检测技术探索更多未知的发现吧~ *未经...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达,这极大地改变了转录组学研究。目前已经开发了大量的scRNA-seq protocol,这些protocol各有特点,各有优缺点。由于技术限制和生物因素,scRNA-seq数据比 bulk RNA-seq数据更嘈杂、更复杂。scRNA-seq数据的高度可变性给数据分析带来了计算方面的挑战。虽然越来...
RNA-seq技术及数据分析 1)介绍 RNA-seq即转录组测序技术,就是把mRNA、non-coding RNA等RNA(主要为mRNA)用高通量测序技术把它们的序列检测出来,用于分析样本内部基因的表达水平。其实验部分主要包含mRNA的样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。
smallRNA-seq技术及数据分析 (1)简介 小RNA测序技术(Small RNA-seq,sRNA-seq)是针对短链非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)的实验结合高通量测序技术,用于检测样本内部小RNA的表达水平。其实验部分主要包含小RNA的样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。
主成分分析 (PCA) 是一种用于强调变化并在数据集中降维的技术。这是一种非常重要的技术,用于质量控制和Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据的分析。 3.1. PCA plots 本质上,如果两个样本的基因表达水平相似,这些基因对给定 PC(主成分)表示的变异有显著贡献,则它们将在表示该 PC 的轴上靠近绘制。因此,我们期望生...
基于rna-seq技术分析小麦矮缩病毒侵染后小麦的基因表达差异 实验设计环节采用三组对照设置。田间种植同一批次小麦品种，设置健康组、病毒接种组、空白对照组各20株。人工接种采用摩擦接种法，接种后第3/7/14天分别采集叶片样本，液氮速冻后-80℃保存。设置三次生物学重复，确保数据可靠性。样本处理阶段使用TRIzol法提取...
StarScope 是达普生物自主开发的,其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline, 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案,可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出,并生成一个完整的 HTML 格式数据报告,表达结果还可接入多种下游分析。 ▉软件功能: ...