目前几乎所有已发布的mRNA-seq数据都是short-read测序所得,所以我们认为这是RNA-seq技术的常规操作,接下来讨论它的主要流程和限制。不过在转录异构体检测的研究(图一;表1)方面,不断进步的long-read cDNA测序和dRNA-seq技术将向short-read测序技术的主导地位发起挑战。 表1 short-read cDNA测序用于差异基因分析 sho...
通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 前言 RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE...
背景 RNA-seq,即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA,small RNA,non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今, RNA-seq 在转录本变异、基因融合、可变剪切检测等场景均有大规模的应用。靶向 RNA-seq 则是对特定的转录本进行重点分析,与标准RNA-seq ...
第一代测序技术（Sanger Method）第一代测序技术由Fred Sanger提出，被称为Sanger Method，是分子测序领域“从无到有”的重大突破。此方法基于常规的PCR技术以及特殊的原料ddNTP（双脱氧核苷三磷酸）。在PCR扩增时，四种ddNTP分别被加入体系中，由于ddNTP缺少3’-OH基团，不具备形成磷酸二酯键的能力，理论上可以终止在...
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于microarray用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如...
RNA-seq的原理基于测序技术,通过将RNA样本转录成cDNA,然后进行高通量测序,最后利用计算方法分析测序结果。具体步骤如下: 1. RNA提取:从细胞或组织中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等各种类型。 2. RNA片段化:将提取的RNA进行片段化处理,通常采用酶或碱性水解等方法。 3. cDNA合成:利用反转录酶将片段化的RNA转录...
【题目】简述RNA-seq技术进行转录组学分析的原理。 答案 【解析】利用高通量测序技术对转录组进行测序分析,对测序得到的大量原始读长(reads)进行过滤、组装及生物信息学分析的过程被称为RNA-Soq。对于有参考基因组序列的物种,需要根据参考序列进行组装,对于没有参考序列的,需要进行从头组装,利用大量读长之间重叠覆盖和...
1、RNA-seq技术简介 2、RNA-seq技术原理 3、RNA-seq结果分析 4、RNA-seq技术应用 1.诞生于20世纪70年代的Sanger法是最早被广泛应用的DNA测序技术，也是完成人类基因组计划的基础。2.2005年以来，以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa技术和ABI公司的SOLiD技术为标志的新一代测序技术相继诞生，又称作深度测序...
图一:short-read,long-read和direct RNA-seq技术和工作流程 **图一:**A 3种RNA测序方式的建库方法概览:short-read测序(黑色),long-read cDNA测序(绿色)和long-read direct RNA-seq(蓝色)。根据不同的应用目的,文库构建的复杂性和偏好性不同。short-read和long-read cDNA的建库方案在很多步骤是一样的,比如在...