CLC Genomics Workbench Premium是一款综合性生物信息学分析工具,其中的单细胞模块能够完成scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq、scATAC-seq、CITE-seq、TotalSeq、BEAM、Visium空间组学等数据的分析。 近日,CLC单细胞模块发布了今年的第二次更新,包括reads注释和Parse Biosciences分析工具。 01、注释单细胞Reads Annotate S...
研究人员使用CLC分析了RNAseq数据,生成了差异表达结果。 CLC可以处理多种测序平台产生的原始数据,拥有全面的生信分析工具,方便没有代码背景的的非生信研究人员快速上手进行生信分析。它还拥有多套工作流程(如下图),高效地进行流程化的数据处理。例如:CLC中对于CRISPR的RNA数据处理流程大致包含下载合适的参考基因组、修剪...
从机制上讲,HNRNPK基因敲除抑制了CLCN3的启动子活性,从而在转录水平上调控了CLCN3的表达,并确定了结合基序‘GCGAGG’和结合部位‘-538/-248BP’。 随后,RNA-seq数据表明,HNRNPK的主要功能与CLCN3相似。体外和体内实验结果表明,CLCN3的表达和功能受HNRNPK的调控。通过从人LUAD中分离原代肿瘤相关成纤维细胞(CAF),...
从机制上讲,HNRNPK基因敲除抑制了CLCN3的启动子活性,从而在转录水平上调控了CLCN3的表达,并确定了结合基序'GCGAGG’和结合部位'-538/-248BP’。随后,RNA-seq数据表明,HNRNPK的主要功能与CLCN3相似。 体外和体内实验结果表明,CLCN3的表达和功能受HNRNPK的调控。通过从人LUAD中分离原代肿瘤相关成纤维细胞(CAF),研...
作者对正常肝脏以及NASH样本的RNA-seq结果中的分泌蛋白以及其受体做了详细的分析,试图找出肝脏内的可以调控NASH发生发展的旁分泌信号通路。作者发现cytokine signaling,inflammatory response以及IL-6 family cytokines and receptors高度富集。进一...
RNA-seq and single-cell RNA-seq data analysis using QIAGEN CLC Genomics (淘宝搜索) 39 -- 1:33:29 App Metagenomics taxonomic profiling using QIAGEN CLC Genomics Workbench 83 -- 50:43 App QIAGEN CLC Main Workbench training -CLC QIAGEN 60 -- 48:53 App QIAGEN CLC Genomics Workbench education...
多样本数据的自动分离。基因组数据的从头组装、重测序数据的mapping、SNP/InDel/CNV/SV突变检出和注释、比较基因组数据的分析以及结果的图形化展示。RNA-seq数据的差异表达分析和统计测验以及结果作图。miRNA数据的mapping、聚类和二级结构预测及功能注释。标签表达谱数据的分析。表观遗传学ChIP-seq数据的分析。
多样本数据的自动分离。基因组数据的从头组装、重测序数据的mapping、SNP/InDel/CNV/SV突变检出和注释、比较基因组数据的分析以及结果的图形化展示。RNA-seq数据的差异表达分析和统计测验以及结果作图。小RNA数据的mapping、聚类和二级结构预测及功能注释。标签表达谱数据的分析。表观遗传学ChIP-seq数据的分析。
By contrast, transcriptome sequencing (RNA-seq) can be used to identify the alleles being expressed. Such knowledge is crucial for the identification of drug-resistance variants and effective drug targets.A. ArensAM. HeinU. AppeltA. Joecker...
CLC Genomics Workbench适用于遗传学、转录组学和表观遗传学研究。其包含多种功能,包括独特的read mapping和基因组从头组装功能,还为再次测序、ChIP-seq和RNA-seq提供相关应用。 Product Resources 安全数据表 (1) 产品介绍与指南 (1) 安全数据表 (10)