CCLE数据库里面的1000多个细胞系的RNA-SEQ数据和拷贝数变异数据联合分析 我看到这篇science的补充材料最后一个图是:Continue reading→ 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据,拷贝数变异数据,突变数据,总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多,但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多,我挑了其中几个,解...
- CCLE RNAseq gene expression data for 1019 cell lines (RSEM, transcript)(1019 个细胞系的 CCLE RNAseq 基因表达数据(RSEM,转录本)) - CCLE RNAseq gene expression data for 1019 cell lines (read counts)(1019 个细胞系的 CCLE RNAseq 基因表达数据(读数)) - CCLE RNAseq gene expression data for...
数据库包含基因表达、染色体拷贝数以及大规模平行测序数据，覆盖了947种人类癌症细胞系。其中，Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0产品包含了遗传标记，包括单核苷酸多态性（SNPs）和检测拷贝数变异的探针。在CCLE中，可以获取到丰富多样的数据，比如RNA-seq。RNA-Seq通过比较细胞/组织/个体的两种不...
RNA-seq数据在CCLE数据库中有多种数据格式,这里选的是counts数据 可以简单看下数据的格式 因为我的电脑服役时间比较长,所以我是从linux里提取的矩阵; zcat CCLE_RNAseq_genes_rpkm_20180929.gct.gz |sed -n '3p' > cell_line.txt awk '{for(i=1;i<=NF;i++){a[FNR,i]=$i}}END{for(i=1;i<=NF...
文章标题是:《Pan-cancer single-cell RNA-seq identifies recurring programs of cellular heterogeneity》,链接是 nature.com/articles/s41 值得细读! 这个研究数据整理的非常好,可以下载的数据真多:singlecell.broadinstitute.org 重要的应该是下面的文件 : CCLE_scRNAseq_github.zip CPM_data.txt CPM - post-QC...
CCLE数据库里面的1000多个细胞系的RNA-SEQ数据和拷贝数变异数据联合分析 我看到这篇science的补充材料最后一个图是: 所以希望可以重复一遍这个分析。 重现完毕了,我再来更新哈
CCLE收集了1000多种肿瘤细胞的RNA测序数据,在确定要研究的基因前不妨来这里初步探索下。首先下载TPM数据。CCLE网址:https://portals.broadinstitute.org/ccle/data TPM数据 2.数据清洗 rm(list=ls())rt<-data.table::fread("CCLE_RNAseq_rsem_genes_tpm_20180929.txt",data.table=F)%>%select(-2)ccle_ann<...
write.table(pos,'ccle_rnaseq_pos.txt',row.names = F,col.names = F,sep = '\t',quote = F) dim(exprSet) dim(pos) 出图如下; CCLE数据库的RNA-seq表达量的CNV 这里面的CCLE数据可以自行下载处理,也可以发邮件找我申请我处理好的,邮件发给 *** 似乎是跟其2014年发在science上文章(PMID: 249259...
write.table(pos,'ccle_rnaseq_pos.txt',row.names = F,col.names = F,sep = '\t',quote = F) dim(exprSet) dim(pos) 出图如下; CCLE数据库的RNA-seq表达量的CNV 这里面的CCLE数据可以自行下载处理,也可以发邮件找我申请我处理好的,邮件发给 jmzeng1314@163.com ...
默认数据集为mRNA expression(RNAseq)。若要更改显示的数据集,请从下拉菜单中选择数据集。 这张图具有很强的互动性。您可以缩放、平移和取消选择特定家系。若要放大,请单击并拖动要放大的图形区域。要平移,从工具提示中选择平移工具。要将图形保存为图像,请从工具提示中选择“download plot”图标。图的数据可以通过...