write_dump命令保存某一瞬时时刻的模型文件,功能类似dump命令,区别是仅保存当前时刻的模型,而不是每隔一定的步数保存文件。 write_dump命令能够实现dump_modify的功能,也就是可以按照元素名称保存data文件。 以NaCl溶液建模为例,write_data命令改为write_dump命令: write_dumpallxyzall.xyzmodifyelementOHNaCl 结果为: ...
1.11 dump命令4种用法1.12 write_dump命令1.13 minimize命令1.14 velocity命令1.15 read_data命令1.16 thermo命令1.17 thermo_style custom命令1.18 set命令1.19 restart重启计算命令1.20 delete_atoms 命令1.21 nve/nvt/npt系综设置1.22 npt、nvt系综的选择1.23 npt系综iso和aniso控压对比1.24 compute chunk/atom分块命令...
write_xyz()函数定义在output库中，定义如下：图7 write_xyz()函数 执行User.py，得到平移之后的单帧...
add workaround for fix not computed at compatible time with write_dump for timestep counts > 2 billion fix off-by-one bug in f2c string conversion in Fortran interface module fix bug in electron radius update for fix eff Nose-Hoover thermostat variants ...
write_dump all atom sinusoid.lammpstrj 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 其中xx, yy作为内部变量生成判断条件,并将判断结果赋予变量v,创建原子时,根据v的值是否为0判断是否创建原子。结果如下图: 注意 1. 对于equal,vector,和atom类型,变量可以定义的表达式非常灵活,也是最常使用的三种变量类...
I have compiled the latest version of Lammps using gcc with intel-onepi-mpi successfully, I am writing dump and restart files at certain iterations during lammps run. The job will start and run fine, but the job will stop to write the dump file and continues to run using 100% of cp...
3.单原子数据。相关命令主要有dump, dump_modify,undump.时刻牢记这些命令用于处理atom的数据对于你出现的错误就有敏感 性了,呵呵。 4。echo,print,fix print结合variable可以用于调试你的脚本,纠错。 5.秀个例子,用于输出setforce, group原子于其他相互作用力 ...
dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style, undump, write_restart Actions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, prd, run, temper Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable ...
fix命令生成可输出到dump文件的per-atom values。例如,fix ave/atom命令计算每个原子属性值的时间平均,就像那些 per-atom compute命令以及atom-style variable。这些per-atom fix value可以被dump custom命令通过跟上述处理compute命令同样的方式共享,例如f_myKE或者f_myStress[2]。
制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。4. Run a simulation 通常run命令被...