write_dump命令能够实现dump_modify的功能,也就是可以按照元素名称保存data文件。 以NaCl溶液建模为例,write_data命令改为write_dump命令: write_dumpallxyzall.xyzmodifyelementOHNaCl 结果为: Cu粗糙界面建模代码改为: write_dumpallxyzall.xyzmodifyelementCu 结果为: 需要注意的是write_dump命令保存的文件格式和dum...
1.11 dump命令4种用法 1.12 write_dump命令 1.13 minimize命令 1.14 velocity命令 1.15 read_data命令 1.16 thermo命令 1.17 thermo_style custom命令 1.18 set命令 1.19 restart重启计算命令 1.20 delete_atoms 命令 1.21 nve/nvt/npt系综设置 1.22 npt、nvt系综的选择 ...
I have compiled the latest version of Lammps using gcc with intel-onepi-mpi successfully, I am writing dump and restart files at certain iterations during lammps run. The job will start and run fine, but the job will stop to write the dump file and continues to run using 100% of cpu,...
这些per-atom fix value可以被dump custom命令通过跟上述处理compute命令同样的方式共享,例如f_myKE或者f_myStress[2]。 variable命令可以在in文件中使用。只有atom-style变量可用于dump custom输出,因为只有它们生成per-atom value。dump custom命令通过v_abc的形式引用名为abc的变量。 就像equal style变量类似,跟atom-...
boundary p p p #周期性边界条件,三方向xyz units real #模拟单位,real单位系统 atom_style full #原子信息 pair_style lj/cut/coul/long 10.0 10.0 #非键相互作用 长程库仑力 LJ(Lennard-Jones)势参数 bond_style harmonic #简谐键 angle_style harmonic #简谐角 ...
图7 write_xyz()函数 执行User.py,得到平移之后的单帧dump文件689_tr.dump(如需多帧,直接for循环...
avoid issues with write_dump re-using and existing dump ID when a previous command crashed improve error handling when parsing the MEAM user parameter file: catch value tokenizer exceptions record line numbers and report filename and line number with the error ...
write_dump all atom sinusoid.lammpstrj 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 其中xx, yy作为内部变量生成判断条件,并将判断结果赋予变量v,创建原子时,根据v的值是否为0判断是否创建原子。结果如下图: 注意 1. 对于equal,vector,和atom类型,变量可以定义的表达式非常灵活,也是最常使用的三种变量类...
Dump file output dump文件输出由dump命令和dump_modify命令指定。有很多预先定义的格式,如dump atom、dump xtc等等。同样,有一种 用户指定输出各个原子的哪些属性的dump custom格式。可以指定预定义的keyword(如tag、x、fx)也可以指定另外三种keyword(即c_ID、f_ID、v_name,分别由compute、fix、variable命令提供相应...
制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。4. Run a simulation 通常run命令被...