do not output data from fix reaxff/bonds during setup() except for the very first time avoid infinite loop with cg minimizer and small forces support that cmdargs argument is not modified when creating LAMMPS object and thus can be reused ...
text_file_reader.cpp text_file_reader.h thermo.cpp thermo.h timer.cpp timer.h tokenizer.cpp tokenizer.h universe.cpp universe.h update.cpp update.h utils.cpp utils.h variable.cpp variable.h velocity.cpp velocity.h verlet.cpp verlet.h version.h write_coeff.cpp write_coeff.h write_data.cp...
replicate nx ny nz 9 3. 设置 9 mass I value . 9 velocity groupID create/set/scale/ramp/zero args keyword value . 9 timestep dt . 9 reset_timestep N 10 neighbor skin bin/nsq/multi 10 neigh_modify keyword values 10 4. 输出 10 dump ID groupID bond/dcd/xtc/xyz/custom N file ...
write_restart file write_restart restart.equil write_restart poly.%.* 把当前模拟状态输出到一个续算文件中。 两个广义字符: *:表示以当前的时间步替换 % :以CPU id 替换 restart2data 可以转为文本文件。 echo none/screen/log/both 定义输入文件是否输出到屏幕和log 。 命令行选项会替换这个命令。 log ...
(atoms, bonds, angles, dihedrals, etc.) in the LAMMPS input data file can vary. PyL3dMD automatically detects each section to parse relevant information. In addition, LAMMPS allows users to export/write many parameters in any order (that is, in any column) to the output trajectory file. ...
由于我的Mac没有NVIDIA的GPU,所以只能使用CPU_ONLY模式,需要在 Makefile.config 中修改 CPU_ONLY := 1 2. BLAS via ATLAS, MKL, or OpenBLAS. # Basic Linear Algebra Subprograms,基础线性代数程序集 3. Boost >= 1.55 # Deepdream是用Python接Caffe,因此还需要 boost.python 支持 ...
Lammps本身没有图形界面，模拟计算的过程都是在Linux终端执行。计算的时候需要用户编写一个输入文件（inputscript)，可能还需要一个data文件。In文件 In文件是输入文件，控制整个计算过程；每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，极少有命令或参数大写的）；读入一行执行一行，有些命令在其他命令后有效...
ID 11 thermo_style one/multi/custom(args) 11 thermo_modify lost/norm/flush/line/format/temp/press value 12 thermo N 12 print string 12 restart N root 13 write_restart file 13 echo none/screen/log/both 13 log filename 13 5. FIX 13 fix ID group?ID style args 13 系综相关 15 力和...
常用命令简介★ read_data 读入原子构型 read_data file 读入文件的格式注意:还有很多其他的关键字可以定义,比如bonds, angles等,可以根据需要调整,具体参考 read_data. 28 常用命令简介★ pair_style 定义读入的对势类型 style = one of the styles from the list below pair_style style args 29 常用命令简介...
Lammps本身没有图形界面，模拟计算的过程都是在Linux终端执行。计算的时候需要用户编写一个输入文件（inputscript)，可能还需要一个data文件。In文件 In文件是输入文件，控制整个计算过程；每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，极少有命令或参数大写的）；读入一行执行一行，有些命令在其他命令后有效...