write_data_file函数: 原子信息(ID、类型、电荷、坐标) 键信息(ID、类型、原子对) 盒子尺寸 生成LAMMPS格式的data文件 包含: 文件保存在指定输出目录,文件名格式为frame_<序号>.data 主要特点: 自动匹配时间步 处理不匹配时间步的警告 生成的data文件可以直接用于LAMMPS后续分析 原子类型和键类型默认设为1(可根据...
do not output data from fix reaxff/bonds during setup() except for the very first time avoid infinite loop with cg minimizer and small forces support that cmdargs argument is not modified when creating LAMMPS object and thus can be reused ...
write_data to prevent a system init // write_dump will just give a warning message about no init if (restart2data || restart2dump) { std::string cmd = fmt::format("read_restart {}",restartfile); if (restartremap) cmd += " remap\n"; input->one(cmd); if (restart2data) cmd ...
replicate nx ny nz 9 3. 设置 9 mass I value . 9 velocity groupID create/set/scale/ramp/zero args keyword value . 9 timestep dt . 9 reset_timestep N 10 neighbor skin bin/nsq/multi 10 neigh_modify keyword values 10 4. 输出 10 dump ID groupID bond/dcd/xtc/xyz/custom N file ...
format/scale/image/flush/unwrap/every/precision/region/thresh values 11 undump dump−ID 11 thermo_style one/multi/custom(args) 11 thermo_modify lost/norm/flush/line/format/temp/press value 12 thermo N 12 print string 12 restart N root 12 write_restart file 13 echo none/screen/log/both ...
由于我的Mac没有NVIDIA的GPU,所以只能使用CPU_ONLY模式,需要在 Makefile.config 中修改 CPU_ONLY := 1 2. BLAS via ATLAS, MKL, or OpenBLAS. # Basic Linear Algebra Subprograms,基础线性代数程序集 3. Boost >= 1.55 # Deepdream是用Python接Caffe,因此还需要 boost.python 支持 ...
Lammps本身没有图形界面，模拟计算的过程都是在Linux终端执行。计算的时候需要用户编写一个输入文件（inputscript)，可能还需要一个data文件。In文件 In文件是输入文件，控制整个计算过程；每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，极少有命令或参数大写的）；读入一行执行一行，有些命令在其他命令后有效...
read_data,read_restart【读入】, restart,write_restart【输出】,如果能灵活运用这几个命令,会让你的模拟在突发事件下得到经济上的收获。其中命令里有两类通配 符,*表示时间步,%表示CPU编号。 2.全局热力学数据,也就是所谓的thermodynamic output,这些量是面向于系统的,而不是面向于某一类,某一组,原子的。一般...
用lammps提供的read_data命令读入一个data文件; Lammps没有图形界面,无法直观的看到所模拟的系统,可 以采用其他的一些可视软件,如VMD等; 计算结果的数据处理也不是很方便,需要自己编程进行进 一步的处理。 Lammps本身没有图形界面,模拟计算的过程都是在Linux终端执行。计算的 ...
Finally, there is a write_restart option to write data periodically to restart the lb/fluid fix and a corresponding read_ restart option to read data to restart the fix. These restart files would need to be used in conjunction with corresponding restart commands for LAMMPS in order to complete...