write_data_file函数: 原子信息(ID、类型、电荷、坐标) 键信息(ID、类型、原子对) 盒子尺寸 生成LAMMPS格式的data文件 包含: 文件保存在指定输出目录,文件名格式为frame_<序号>.data 主要特点: 自动匹配时间步 处理不匹配时间步的警告 生成的data文件可以直接用于LAMMPS后续分析 原子类型和键类型默认设为1(可根据...
avoid issues with write_dump re-using and existing dump ID when a previous command crashed improve error handling when parsing the MEAM user parameter file: catch value tokenizer exceptions record line numbers and report filename and line number with the error ...
write_data to prevent a system init // write_dump will just give a warning message about no init if (restart2data || restart2dump) { std::string cmd = fmt::format("read_restart {}",restartfile); if (restartremap) cmd += " remap\n"; input->one(cmd); if (restart2data) cmd ...
(args) 11 thermo_modify lost/norm/flush/line/format/temp/press value 12 thermo N . 12 print string . 12 restart N root . 12 write_restart file 13 echo none/screen/log/both . 13 2 log filename 13 5. FIX 13 fix ID groupID style args 13 系综相关. 14 力和速度的控制 . 15 计算...
Lammps本身没有图形界面，模拟计算的过程都是在Linux终端执行。计算的时候需要用户编写一个输入文件（inputscript)，可能还需要一个data文件。In文件 In文件是输入文件，控制整个计算过程；每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，极少有命令或参数大写的）；读入一行执行一行，有些命令在其他命令后有效...
使用内置xterm环境的软件,如MobaXterm $ atomeye Nanotube8x3x1.pdb 52 $ chmod +x atomeye AtomEye支持[标准cfg] [扩展cfg] [pdb] • 比较容易得到的文件格式:[POSCAR] [cif] • 策略图:文件格式转换 data file POSCAR cfg lammps vasp2lmps Materials Studio cif VESTA AtomEye Coding 原子数目比较受限 ...
由于我的Mac没有NVIDIA的GPU,所以只能使用CPU_ONLY模式,需要在 Makefile.config 中修改 CPU_ONLY := 1 2. BLAS via ATLAS, MKL, or OpenBLAS. # Basic Linear Algebra Subprograms,基础线性代数程序集 3. Boost >= 1.55 # Deepdream是用Python接Caffe,因此还需要 boost.python 支持 ...
read_data,read_restart【读入】, restart,write_restart【输出】,如果能灵活运用这几个命令,会让你的模拟在突发事件下得到经济上的收获。其中命令里有两类通配 符,*表示时间步,%表示CPU编号。 2.全局热力学数据,也就是所谓的thermodynamic output,这些量是面向于系统的,而不是面向于某一类,某一组,原子的。一般...
用lammps提供的read_data命令读入一个data文件; Lammps没有图形界面,无法直观的看到所模拟的系统,可 以采用其他的一些可视软件,如VMD等; 计算结果的数据处理也不是很方便,需要自己编程进行进 一步的处理。 Lammps本身没有图形界面,模拟计算的过程都是在Linux终端执行。计算的 ...
Minimize命令Minimize命令使用格式:minimize(命令名)tolerance(误差限)maxiter()maxeval()说明:tolerance=stoppingtolerance停止公差、容差maxite..