3.molecule-ID(分子ID) 作用:标识原子属于哪个分子。通常,它是从 1 到 N(分子数)之间的数字。如果原子是非键合的或不需要追踪分子归属,molecule-ID可以为 0。 4.diameter(粒子直径) 作用:指定有限大小球形粒子的大小。设置为0.0表示该原子是点粒子(没有物理尺寸)。 5.ellipsoidflag,lineflag,triangleflag,bodyf...
molecule命令的语法格式为: molecule ID keyword value 其中ID为定义分子的标识符,可以是任意字符串。keyword和value为需要定义的属性和属性值,可以根据需要选择不同的关键词和值。常用的关键词和值如下: 1. Atoms:定义分子中的原子类型和位置。格式为“Atoms file format element keyword value”,其中file format为...
full类型对应的原子信息分别为:atom-ID molecule-ID atom-type q x y z nx ny nz,最后1列#C为注释,作用是注释该行原子的类型。 nx、ny、nz为可选项,主要用于周期性原子的定位,没有这三列不影响lammps计算。 2.charge类型 charge类型对应的原子信息如下: 原子信息主要包括:atom-ID atom-type q x y z,...
full类型对应的原子信息分别为:atom-ID molecule-ID atom-type q x y z nx ny nz,最后1列#C为注释,作用是注释该行原子的类型。 nx、ny、nz为可选项,主要用于周期性原子的定位,没有这三列不影响lammps计算。 2.charge类型 charge类型对应的原子信息如下: 原子信息主要包括:atom-ID atom-type q x y z,...
dump 1 all custom 5000 DUMP_FILE.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz It's a good idea to use an atom_style which supports molecule-ID numbers so that you can assign a molecule-ID number to each atom. (I think this is needed to wrap atom coordinates without breaking molecules in...
angle atom-ID molecule-ID atom-type x y z atomic atom-ID atom-type x y z body atom-ID atom-type bodyflag mass x y z bond atom-ID molecule-ID atom-type x y z charge atom-ID atom-type q x y z dipole atom-ID atom-type q x y z mux muy muz electron atom-ID atom-type q ...
create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 #create_box N region-ID keyword value ...;box支持多少种(大于等于实际最大值):原子类型 键角 每个原子包含键和角 molecule tip4 mol.data #导入模型,需要molecule安装包才支持。 #read...
13、2364706 0.000000000 39.900249948外部搭建模型不同的atom_style, data文件格式不尽相同定义原子坐标的格式atomic atom-ID atom-type x y zcharge atom-ID atom-type q x y zfull atom-ID molecule-ID atom-type q x y zhybrid atom-ID atom-type x y z sub-style1 sub-style2 . bonds = # of bo...
molecule ID file1 keyword values ... file2 keyword values ... fileN ...• ID = user-...
Kremer-Grest模型，采用双桥算法。fix bond/swap 5 0.5 1.3 #seed，data文件中，每条链molecule_ID...