(2)前缀c_ compute命令在lammps中主要是计算模拟过程中的一些量,如力、能量等。 compute计算结果存储到与compute id相关的变量中,如果要提取计算结果,需要在id前面加前缀“c_":c_id。 如计算单原子的应力: compute1mobilestress/atomNULL 读取计算结果: thermo100thermo_stylecustomstepc_1[1]c_1[2]c_1[3]...
在lammps中,使用compute命令计算RDF(径向分布函数)时,value参数的格式为c_ID, c_ID(N), f_ID, f_ID(N), v_name。其中,如果是通过compute命令计算的结果,则用“c_ID”或者添加后缀输出;如果是通过fix命令计算的结果,则通过"f_ID"或者添加后缀输出。 在compute rdf命令中,输出结果按列依次为序号,c_ID(1...
在命令dump1 all custom 100 W.xyz id type x y z 后面加上c_1(表示输出计算的原子势能): dump 1 all custom 100 W.xyz id type x y z c_1 c为compute的缩写,1为这个compute的代号, 若写为compute x all pe/atom 则输出的写为c_x 将得到的W.xyz文件导入ovito软件中,然后在Add Modification中选...
5、NLS_CHARSET_ID(c) 返回指定字符对应的字符集id。 例如:SELECT NLS_CHARSET_ID('US7ASCII') FROM DUAL; 6、NLS_CHARSET_DECL_LEN(n1,n2) 返回一个NCHAR值的声明宽度(以字符为单位).n1是该值以字节为单位的长度,n2是该值的字符集ID 例如:SELECT NLS_CHARSET_DECL_LEN(100, nls_charset_id('US7ASCI...
(1) 在对lammps使用cmake进行编译时,添加: ```cmake -D PKG_KIM=on -D DOWNLOAD_KIM=on ``` (2) 将下列环境变量写入~/.bashrc (根据编译路径修改): ```shell export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lammps-patch_21Nov2023/build/kim_build-prefix/lib:$LD_LIBRARY_PATH ...
LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分：1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现意外，比如实验室或机房突然断电，程序部分阶段有错误等等。2.系统热力学量的输出，这些量一般是体系中各个原子的集体行为量，比如温度，压强等 3.单原子详细信息的输出，如我们想得到的轨迹文件 对应于上面的三大部分，...
还可以指定三类keyword(c_ID、f_ID、 v_name),分别由compute、fix、variable命令提供相应的数据。以下依次讲述。 在LAMMPS中,有两种类型的compute命令:一种计算global value(例如温度,压强张量)另一种计算per-atomvalues。只有前者可以作为热力学输出。用户指定的compute命令的ID加上一个可选的下标作为thermo_style...
在LAMMPS中进行非晶退火模拟,需要设置合适的温度、时间、边界条件等参数,以模拟材料在退火过程中的行为。 三、模拟参数设置 在进行非晶退火模拟时,需要选择合适的模型、参数和计算方法,以获得可靠的模拟结果。其中,模型的选择包括原子模型、势函数模型等,参数的选择包括温度、时间、压力等,计算方法的选择包括分子动...
在LAMMPS中,可以通过设置边界原子的质量为无穷大来实现固定边界条件,这样原子在接近真空层时会受到强力的束缚,不会进入真空层。 三、总结 本文介绍了LAMMPS中真空层的概念及设置方法,包括如何动态改变盒子尺寸、设置边界条件等。在进行分子动力学模拟时,合理设置真空层可以更好地模拟实验过程,提高模拟结果的...
第一版自编lammps中文教程发布以来,下载量和订阅量一直不错。最近新增了一部分内容,最新的教程总共485页,大约14万字。 教程分上下两册,粉丝私信免费领取上册所有教程为电子版,如有需要可自己打印,下… 阅读全文 lammps数据后处理:Python ovito 计算输出位错线长度 ...