使用lammps自带命令建模时,有时候会用delete_atoms命令删除部分原子,但是在删除原子后,lammps并不一定会重新分配原子的ID,造成data文件中的原子ID序号不连续。 使用velocity命令进行温度初始化时,会提示“Atom IDs must be consecutive for velocity create …”错误。 错误的主要原因就是因为删除原子后,原子ID序号不连续。
print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数 dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将...
Atoms<atomID><molecularID><atom_tyoe><charge><xcoord><ycoord><zcoord>... Bonds<Bond ID><Bond type><bond atom1><bond atom2>... CS-Info<Atom ID><CSID>... 几点说明: 核与壳在LAMMPS中以两个原子形式定义,中间以class2 bond连接。在实际应用中,为保证控压稳定,初始结构中核原子与壳原子应以...
以AlCuFeMgSi合金为例，假如5种合金元素比例为1:1:1:1:1，具体代码为：（1）#初始模拟系统设置（2）units metal（3）boundary p p p（4）atom_style atomic（5）timestep 0.001（6）#构建模型（7）lattice fcc 3.56（8）region box block 0 10 0 10 0 10 （9）create_box ...
print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数 dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将...
dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj ... run 1000 ``` 模拟运行: ``` $ lmp_serial -in input.txt ``` 输出文件(dump.lammpstrj): ``` ITEM: TIMESTEP ... ITEM: ATOMS id type x y z 1 1 0.0 0.0 0.0 2 2 1.0 0.0 0.0 3 2 2.0 0.0 0.0 ... ``` Python脚本(extract.py): ``...
我利用MS建立了水在铁表面的模型,并导出data文件,但发现文件里H, O的原子类型分别有两种,而且H.O的atom ID也不符合Lammps的要求, Lammps要求1个O后面跟2个H,但我的data文件中H,O的atom ID并不是按照这个规律来的,请问大神,这种情况怎么处理啊?万分感激!
使用lammps自带命令建模时,有时候会用delete_atoms命令删除部分原子,但是在删除原子后,lammps并不一定会重新分配原子的ID,造成data文件中的原子ID序号不连续。 使用velocity命令进行温度初始化时,会提示“Atom IDs must be consecutive for velocity create ...”错误。
fix ID group-ID ave/chunk Nevery Nrepeat Nfreq chunkID value1 value2 有多个fix ave/chunk命令使用相同的chunk ID命令,但具有不同的平均参数。LAMMPS不能同时跟踪同一块上的多个平均操作,因此会出现错误。改正方法: compute a1 all chunk/atom bin/1d x lower 10.0 units box ...
$atom: name定义分子中某原子的唯一ID号 (如果出现此变量的分子仅包含一个原子,则可以省略:name后缀)。 @atom: type定义某个原子的类型。 $bond: name定义某个化学键的唯一ID号(注意:如果出现此变量的分子仅包含一个键,则可以省略:name后缀。) @bond: type定义某个键的类型 ...