总之,如果体系不包含键、角信息,使用delete_atoms compress yes命令不会造成原子ID不连续。 如果体系为包含键角的full类型,在删除原子后,需要使用reset_atom_ids命令对原子ID进行重新编号。
6、gle_style, dihedral_style, improper_style.(2) Atom defin itionlammps提供3种方式定义原子: 通过read_data 或read_restart命令从data或restart文件读入,这些文件可以包含分子拓扑结构信息 按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息),你会用到这几个命令:lattice, regi on, create_box, create_atoms. 已经设...
delete_atoms group group-ID compress yes 或者,对于atom_style full类型的体系,你可能需要使用reset_atom_ids命令来重新编号原子: lammps delete_atoms region region-ID reset_atom_ids 4. 修改LAMMPS输入文件并运行模拟 一旦你确定了要删除的原子并编写了相应的delete_atoms命令,你需要将这些命令添加到LAMMPS的...
(atom->molecule_flag) { for (i = 0; i < atom->nlocal; i++) maxmol = MAX(atom->molecule[i],maxmol); tagint maxmol_all; MPI_Allreduce(&maxmol,&maxmol_all,1,MPI_LMP_TAGINT,MPI_MAX,world); maxmol = maxmol_all; } // reset image flags to zero for bond/periodic option if...
qeq或取消电荷平衡。使用nve系综时温度爆炸：原因：模型不稳定。解决方法：优化模型或检查势函数参数。多个fix命令使用相同compute命令：解决方法：重新配置或调整参数。变量调用错误：解决方法：确保所有fix ID被正确识别。原子ID不连续无法创建速度：解决方法：使用reset_atom_ids命令解决。
qeq冲突，根据实际情况应用fix qeq或取消电荷平衡。18. 使用nve系综时温度爆炸，可能由模型不稳定引起，优化模型或检查势函数参数。19. 多个fix命令使用相同compute命令，需要重新配置或调整参数。20. 变量调用错误，确保所有fix ID被正确识别。21. 原子ID不连续无法创建速度，使用reset_atom_ids命令解决。
{\normalsize \begin{verbatim} reset_atoms id sort yes velocity carbon_mid create ${T} 48455 & mom yes rot yes \end{verbatim}} Re-setting the atom IDs is necessary before using the \textit{velocity} command when atoms were deleted, which is done here with the \textit{reset\_atoms} ...
21. Atom IDs must be consecutive for velocity create loop all 删除原子后原子ID不连续无法create velocity,使用reset_atom_ids命令重新设置id 22. ERROR: Thermo keyword in variable requires thermo to use/init pe 在variable命令之后加个run 0 即可,可以初始化thermo keyword的值 23. Warning : Fix qeq C...
打开Cu.data文件可以看到:剩余8个原子编号仍然为1-8,不会影响后续的操作。 2. 对于含键角体系,使用reset_atom_ids命令 对于包含键、角的体系,如atom_style full类型,compress yes不起作用。 这时候就需要用到reset_atom_ids命令。 下面对full类型下,使用以及不使用reset_atom_ids命令的建模结果进行对比。 units...
错误11: Variable test: Invalid fix ID 'avee'解决方法：在使用 fix avee 前先调用该 fix。错误12: Atom IDs must be consecutive 解决方法：使用 reset_atom_ids 命令重新设置原子 ID。错误13: WARNING: Shell command 'mkdir' failed 解决方法：确保文件夹名称与当前目录中无冲突。