打开Cu.data文件后会发现,data文件包含8个原子,原子的ID是19-32,并且也不连续。 添加reset_atom_ids命令后,代码如下: unitsmetal boundaryppf atom_stylefull latticefcc3.61 regionboxblock020202 create_box1box create_atoms1box regiondelblockINFINFINFINFINF1 delete_atomsregiondel mass164 reset_atom_ids writ...
1.lattice fcc3.61#Cu2.region zbox block06001000100units box3.region cubox block0600100050units box4.create_box6zbox5.create_atoms1region cubox6.lattice diamond3.56#C7.region ball sphere30137510units box8.create_atoms6region ball9.#划分区域10.region lower blockINFINFINFINFINF5units box11.group lowe...
id type x y z#环境一:平衡弛豫velocity out create 300 666fix b bot setforce 0 0 0fix 1 out nvt temp 300 300 0.05#运行timestep 0.001run 10000reset_timestep 0#环境二:压痕过程variable z equal "60-0.1*step*dt"variable z2 equal 0.1*step*dt#定义变量z2为下压的深度fix 2 all indent ...
lammps delete_atoms group group-ID compress yes 或者,对于atom_style full类型的体系,你可能需要使用reset_atom_ids命令来重新编号原子: lammps delete_atoms region region-ID reset_atom_ids 4. 修改LAMMPS输入文件并运行模拟 一旦你确定了要删除的原子并编写了相应的delete_atoms命令,你需要将这些命令添加到L...
\hcreate_atoms,create_box,lattice,read_data,read_dump,\hread_restart,\hregion,replicate 力场 pair_coeff,pair_modify,pair_style,\hpair_write 设置 communicate,group,\hmass,min_modify,\hmin_style,neigh_modify,neighbor,\hreset_timestep,run_style,set,\htimestep,velocity 约束 \hfix,\hfix_modify,...
Region-ID 为使用区域的 ID 使用模拟域 Create-atoms: Create-atoms 用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。 Create_atoms type style args keyword values ... 设定: 力场系数 Pair-coeff: 模拟参数 Neighbor Neighbor 是定义 Neighbor skin style
错误11: Variable test: Invalid fix ID 'avee'解决方法：在使用 fix avee 前先调用该 fix。错误12: Atom IDs must be consecutive 解决方法：使用 reset_atom_ids 命令重新设置原子 ID。错误13: WARNING: Shell command 'mkdir' failed 解决方法：确保文件夹名称与当前目录中无冲突。
Reset_atoms id command before simulation box is defined"); if (atom->tag_enable == 0) error->all(FLERR, "Cannot use reset_atoms id unless atoms have IDs"); for (const auto &ifix : modify->get_fix_list()) if (ifix->stores_ids) error->all(FLERR, "Cannot use reset_ato...
打开Cu.data文件后会发现,data文件包含8个原子,原子的ID是19-32,并且也不连续。 添加reset_atom_ids命令后,代码如下: unitsmetalboundaryppfatom_stylefulllatticefcc3.61regionboxblock020202create_box1boxcreate_atoms1boxregiondelblockINFINFINFINFINF1delete_atomsregiondelmass164reset_atom_idswrite_dataCu.data ...
检查data文件是否存在原子坐标重复的问题,建议在文档里查找一下,我是采用MS建模转换文件,所有原子都重复*2了,应该是MS建模操作有误,将重复坐标删除即可,连带改动atoms和id。或者在lammps中delete_atoms后输出data文件。 如果模型确定没有问题,有可能是势函数的参数不正确,建议更换势函数试试 6. 建立分子模型后无法正...