angle_style harmonic#创建一个box,并选择一个区域把水放进去region box block 0 10 0 10 0 10#规划区域:定义一个长方体区域叫box,长宽高 单位angstromcreate_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1#create_box N region-ID keyword value ...;box支持...
dump out1 all custom 100 coord.dump id type x y z # coord.dump is the filename of output file dump out2 GroupName custom 100 velocity.dump id vx vy vz # output velocity dump out3 all custom 100 1.force id fx fy fz # output force dump_modify out1 sort id dump_modify out2 ele...
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 #计算长程库仑项,需要kspace安装包才支持 dump 1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z #将信息写入tip4.lammpstrj,此后可用vmd打开视图 dump_modify 1 sort id #dielectric 80.0 fix 1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1 #设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和...
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 #计算长程库仑项,需要kspace安装包才支持 dump 1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z #将信息写入tip4.lammpstrj,此后可用vmd打开视图 dump_modify 1 sort id #dielectric 80.0 fix 1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1 #设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和...
dump_modify 2 sort id fix 2 all nvt temp 2000 2000 100.0 #2000K温度下裂解 fix 3 all reax/c/bonds 4000 Tire.bonds.connect fix 4 all reax/c/species 1 1 4000 species.txt element O C H run 100000 运行(建议装lammps后, 安装一下Git软件,在Git bush here很好用哦) ...
dump_modify traj sort id timestep 0.001 run 200000 发自小木虫Android客户端 回复此楼 ...
然后,使用sort_values函数按id列进行排序,并将排序后的数据写回dump_sorted.atom文件中。 验证排序后的文件: 最后,你需要验证排序后的文件是否正确,并且符合LAMMPS的输入要求。这通常意味着检查文件是否按ID顺序排列,并且数据格式是否正确。 请注意,上述Python脚本假设dump.atom文件的格式是每行一个原子,包含ID、...
dump 1 all custom 1000 traj.lammpstrj id mol type q x y z#输出格式 dump_modify 1 sort id#按原子id排序 fix fxnpt all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0 drag 1.0#npt系综 run50000 unfix fxnpt#解除npt fix fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 100.0#nvt系综nose-hoover热浴 thermo...
然后 sort id 代表让系统在每次输出模型时先把所有原子按照顺序（lammps会给每个不同原子一个不同的原子id）排列一下，然后打出来。所以最后数据文件（每一行是一个原子的信息，第一列是种类Si或者Ge，然后三列对应三个xyz空间坐标）每一行的顺序是按原子id从小到大排列的，这样统一排序不会乱，方便后...
dump_modify 1 sort id thermo 100 thermo_style custom step cpu temp press etotal run 100000...