dump 1 all custom 4000 dump.dsw id type q x y z #轨迹文件放进ovito dump_modify 1 sort id dump 2 all xyz 4000 dump.xyz dump_modify 2 sort id fix 2 all nvt temp 2000 2000 100.0 #2000K温度下裂解 fix 3 all reax/c/bonds 4000 Tire.bonds.connect fix 4 all reax/c/species 1 1 4...
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 #计算长程库仑项,需要kspace安装包才支持 dump 1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z #将信息写入tip4.lammpstrj,此后可用vmd打开视图 dump_modify 1 sort id #dielectric 80.0 fix 1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1 #设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和...
dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z c_1 c_k c_p v_b dump_modify 1 sort id dump 4 all custom 1000 dump4.lammpstrj id type x y z ix iy iz fx fy fz c_stressall[1] c_stressall[2] c_stressall[3] c_stressall[4] c_stressall[5] c_stressall[6] dump_...
dump_modify 5 element Si Ge sort id format "%5s %28.16e %28.16e %28.16e"run20000 简单来说就是定义一个dump，这里名字叫5，all说明把整个模型都打出来。xyz是style，所有模型中的原子坐标都会写到这种数据文件里，生成的数据文件会有.xyz的后缀名。然后2000代表每2000步一输出，最后model_ch...
dump 1 all custom 1000 traj.lammpstrj id mol type q x y z#输出格式 dump_modify 1 sort id#按原子id排序 fix fxnpt all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0 drag 1.0#npt系综 run50000 unfix fxnpt#解除npt fix fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 100.0#nvt系综nose-hoover热浴 thermo...
h h h 一 h 1 h 2 h h 二 h 1 h 2 h h 四一 h h h VMD:amolecularvisualizationprogramfordisplaying,animating,andanalyzing large
需要kspace安装包才支持dump1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z#将信息写入tip4.lammpstrj,此后可用vmd打开视图dump_modify 1sort id#dielectric 80.0fix1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1#设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和角fix 2 all nve#系综,后面可跟定义的参数fix 3 all temp/...
需要kspace安装包才支持dump1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z#将信息写入tip4.lammpstrj,此后可用vmd打开视图dump_modify 1sort id#dielectric 80.0fix1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1#设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和角fix 2 all nve#系综,后面可跟定义的参数fix 3 all temp/...
dump 2 all xyz 50 testfile.xyz dump_modify 2 sort id run 40000 Small system test 18...
dump 1 all custom 1000 pos.lammpstrj id type x y z dump_modify 1 sort id ##---采用最速下降算法进行能量最小化--- min_style sd minimize 1.0e-30 1.0e-15 10000 10000 #系统达到平衡后,输出能量E0 variable E equal pe print "--- E0=$E---" run 0 #定义上下区域,目的是把晶体切为上下...