34.compute property/molecule command 将一些指定的attribute(比如说分子ID和分子内atoms的数目)储存为global data让其可以被其他命令使用,比如说compute com/moleculeandcompute msd/molecule.输出a global vector or global array,取决于输入的value的个数。向量的长度和array的行数是molecule的个数。 35.compute rdf ...
本文介绍使用lammps自建分子命令建立CO2模型。 CO2分子建模方法与H2O基本一样,先用molecule命令建立CO2分子模板,然后create_atoms添加分子…阅读全文 赞同13 2 条评论 分享收藏 纳米压痕的分子动力学模拟研究应从哪些方面入手? 工学楼阁 我是小人物。我是小角色。 工学楼阁: 摘要 本文以微/纳米...
关于Lammps中compute命令的总结 甲乙丙丁 甲乙丙丁: 1.compute atom/molecule command 将peratom-vector以分子为单位求和,atom储存的质量和受力也可以以分子为单位求和起来 (on a per-molecule basis)。输入的是per-atom vector(可以由compute,fix和variable得到),输…阅读全文 赞同26 添加评论 ...
} else error->all(FLERR,"Illegal compute group/group command"); } @@ -203,6 +216,7 @@ void ComputeGroupGroup::pair_contribution() int *ilist,*jlist,*numneigh,**firstneigh; double **x = atom->x; int *molecule = atom->molecule; int *type = atom->type; int *mask = atom->...
type id molecule: 将所有由相同原子类型,原子ID或分子ID指定的原子归入命名的 group中。指定方法有两种:其一是直接列举,其二是通过数学逻辑。 subtract union intersect: 即常见的集合操作,减、并、交,通过对两个或多个 group进行相关运算得到新的group。 常用命令简介★ neighbor 定义临域列表 neighbor skin style...