安装成功以后直接在命令行里输入vmd就可以将程序调出来,选择New Molecule,然后导入我们之前计算得到的dump.shear文件,记得在Determine file type一栏选择LAMMPS trajectory选项。 导入以后,可以得到这样的构型,拖动main对话框下面的滑动条就可以看到体系的剪切行为,大功告成! 5 MD相关资源推荐 对刚刚接触这一个领域的初学...
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molecule.cube /usr/share/lammps/examples/body/molecule.point3d /usr/share/lammps/examples/body/molecule.rod3d /usr/share/lammps/examples/body/molecule.tetra /usr/share/lammps/examples/cmap/charmm22.cmap /usr/share/lammps/examples/cmap/gagg.data /usr/share/lammps/examples/cmap/in.cmap /usr/...
文件名称规则: file.%.* :*表示时间步,%表示CPU ID file.bin :输出二进制文件。(可用binary2txt 转换成文本) file.gz :输出gzipped 文件。 dump custom args id = atom ID mol = molecule ID type = atom type x,y,z = unscaled atom coordinates xs,ys,zs = scaled atom coordinates xu,yu,zu =...
molecule/subtract/union/intersect. 6 create_box N regionID 7 create_atoms type box/region/single args keyword values . 7 delete_atoms group/region/overlap/porosity args . 7 read_restart file/read_date file. 7 set atom/group/region ID keyword values 8 displace_atoms groupID move/ramp/random...
cutoff 5 processors Px Py Pz 6 2. 创建模拟晶胞 6 lattice none/sc/bcc/fcc/hcp/diamond/sq/sq2/hex/custom scale keyword values 6 region ID style block/cylinder/prism/sphere/union/intersect args keyword value 6 group ID region/type/id/molecule/subtract/union/intersect 6 create_box N region?
group ID style args ID :用户命名的组名 style = delet or type or molecule or id or variable delete = no args type/molecule/id = start end increment example :… 阅读全文 snapshot的可视化(1)—在VMD中显示拓扑信息 【本教程完全从高分子领域出发】 VMD对Lammps有着非常完美的支持,不仅能读inpu...
安装成功以后直接在命令行里输入vmd就可以将程序调出来,选择New Molecule,然后导入我们之前计算得到的dump.shear文件,记得在Determine file type一栏选择LAMMPS trajectory选项。 导入以后,可以得到这样的构型,拖动main对话框下面的滑动条就可以看到体系的剪切行为,大功告成!