HMMER使用并不是很难,原理与Blast一致,其实对于初学来说,难的主要是建立.hmm这一步。 Hmmer的安装 安装,主要是使用源码安装或是是使用conda进行安装即可。 conda安装 condainstall-yhmmer 源码安装: 官网:http://www.hmmer.org/ 任意下载一个版本即可,安装步骤不再做说明。 使用hmmbuild构建.hmm文件 在有些数据库...
在生物信息学的序列比对领域，HMMER凭借其卓越的性能，成为了研究基因功能和序列分析的理想工具。相较于广泛使用的BLAST，HMMER在准确性上更胜一筹。它采用优化的算法和数据结构，能高效处理大规模序列数据，节省时间与计算资源。HMMER基于隐马尔可夫模型（HMM）算法，适用于蛋白质序列和核酸序列的比对。该工具...
HMMER是一种用于生物序列分析的工具,主要原理是基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM),下面用比较通俗的方式来解释它的原理: 想象一下你在玩一个猜盒子里颜色球的游戏。有几个不同的盒子,每个盒子里都放着不同颜色的球,比如红球、蓝球、绿球等。你不能直接看到盒子里面,只能通过每次从盒子里拿出来的球的...
利用hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因 隐马尔可夫模型(Hidden Markov model, HMM)是用于序列标注的概率图模型,描述一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态序列,再由每个状态生成一个观测而产生一个观测序列的过程,是一个生成模型。隐马尔可夫模型在自然语言处理、语音识别、模式识别等领域都应用广泛。在自然语言处...
HMMER是一个软件包,提供了一类被称为轮廓隐马尔可夫模型(此处中文名为直译,英文原称为 profile hidden Markov models, profile HMMs 或 profiles)的工具,这些工具用于制作蛋白质和DNA序列域家族概率模型,以及可以使用这些工具来注释新的序列。不同于 Blast 等工具,HMMER 使用的是集成算法(ensemble algorithms),而不是...
即可看到结果第二行反馈出来是HMMER3.0的版本,这时候HMMER程序的版本就确定了 接下来需要确认.hmm的版本,两边不对应的情况下,会导致上述无法hmmsearch的情况出现。 把.hmm文件拖至用代码编辑器打开(这里以editplus 5为例) 可以看到刚刚下载的.hmm文件名称为adh_short.hmm,版本是3.1b2,与HMMER程序版本不对应(3.0) ...
一、HMMER 简介及安装 原文链接:HMMER 官方文档学习笔记系列——HMMER 简介及安装 1. 说明 “MMER 官方文档学习笔记系列”是本人在阅读 HMMER 官方文档来学习 HMMER 使用方法的过程中整理的学习笔记类教程。该系列主要以 HMMER 官方文档为参考,因此包含很多对原文档的直接翻译和直接摘录。旨在通过转述官方文档说明,帮助...
HMMER是一种用于和比对蛋白质和核酸序列的工具,其基本原理是使用HMM来描述和比较蛋白质和核酸序列的特征。HMM是一种统计模型,可以用来描述序列中的基本单元(如氨基酸或核苷酸)之间的相互作用和转移。HMMER通过构建和比对HMM模型来分析序列间的相似性和关系。 2. 构建HMM模型:在使用HMMER之前,您需要构建一个HMM模型。您...
鉴定同源家族主要有三种方法:BLAST、HMMER和Orthofinder。BLAST和Orthofinder主要基于蛋白序列进行比对,而HMMER则需要一个模型(也称为seed),这是一个用于序列比对的模型。通常,可以从PFAM网站下载这个模型。但有时某些结果没有被PFAM收录,这时就需要自己构建一个模型。以下是构建模型的步骤:1️⃣ 比对同源蛋白序列 ...
HMMER可以作为命令行工具进行本地下载和安装,现在也可以通过EBI的服务器在线访问。 本地下载地址:/ 在线版本:/Tools/hmmer/ 常用Pfam在线数据库:/ HMMER包含下面几个主要的程序: phmmer: 与Blastp类似,使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库; jackhmmer: 与psiBlast类似,蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库; hmmbuild: ...