基因家族分析第一步是家族基因的筛选,一般用OrthoFinder,blastp和hmmer隐马尔可夫模型三种办法 基因家族分析三把刀:hmmsearch&blast&orthofinder - 简书 (jianshu.com) 在此只讲hmmer隐马尔可夫模型。 隐马尔可夫模型是用于序列标注的概率图模型,描述一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态序列,再由每个状态生成一个观测...
(1)使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定 (2)使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家族鉴定 2.1.1 软件下载 鉴定基因家族需要使用到hmmer这款软件,我们可以直接使用conda进行安装,若使用源码安装,提供网址如下:http://www.hmmer.org/ 2.1.2 利用HMM鉴定 在...
该程序需要提供sto格式的序列比对文件,格式如图所示,它的主要区别就是# STOCKHOLM 1.0开头和//结尾。 一般我们要去获得已知基因组的某个家族成员,常用的方法就是从已知的某个物种的基因家族成员的保守结构序列去比对。而HMMER3.1需要sto格式的序列比对结果,因此我们要将比对之后的序列转换成sto格式。在线工具:sequence ...
1.1 pfam上找保守蛋白,或用HmmBuild构建。 1.2 用HmmerSearch对基因家族进行初筛。 因为想对多个数据进行批量处理,在网上找到了这个。 前辈是用python基于Windows写的脚本,在Linux中运行效果不大好,菜鸟不知道咋改。 照着书写了个批量处理的shell脚本,这个基因组数据都是在Ensembl下载的,不同数据库下载的可能不同,试...
注意GFF里面的ID，脚本去识别的时候是要完全一样才行，注意是=号和分号；之间的都是ID，例如：
1.请检查NB-ARC.txt文件第一列ID与 拟南芥所有基因的蛋白序列文件中的ID是否一致；...
最近在探索全基因组基因家族的分析方法,而找到某一家族需要通过保守结构域来预测。 从而找到物种的某一基因家族,从而进行之后的分析。 这里就需要用到HMMER3.1软件,鉴定物种某一基因家族。下面开始HMMER3.1基本使用教程。 1. 软件的下载与安装 系统环境:Ubuntu16.04 LTS HMMER3.1官方下载地址:http://hmmer.org/download...
一般我们要去获得已知基因组的某个家族成员,常用的方法就是从已知的某个物种的基因家族成员的保守结构序列去比对。而HMMER3.1需要sto格式的序列比对结果,因此我们要将比对之后的序列转换成sto格式。在线工具:sequence conversion可以将很多格式的比对结果转换成sto格式。需要注意的是:比对后的序列长度一定要一致,否则没有...