首先,你得先安装HMMER。一般来说,你可以去官网下载最新的版本。安装完成后,别忘了设置环境变量哦!这样你才能在任何地方都能方便地使用HMMER。 准备工作 📋 打开命令行窗口:按下Win+R键,然后输入D:,接着切换到D盘。 进入HMMER文件夹:进入你保存HMMER的文件夹,比如D:\hmmer-3path。 构建HMM模型 🧬 接下来就...
HMMER使用并不是很难,原理与Blast一致,其实对于初学来说,难的主要是建立.hmm这一步。 Hmmer的安装 安装,主要是使用源码安装或是是使用conda进行安装即可。 conda安装 condainstall-yhmmer 源码安装: 官网:http://www.hmmer.org/ 任意下载一个版本即可,安装步骤不再做说明。 使用hmmbuild构建.hmm文件 在有些数据库...
% tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check windows系统,直接下载二进制压缩包,解压就可以使用,下载地址: http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip hmmer包含的程序 phmmer: 与Blastp类似,使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库; > phmmer tutoria...
可以使用多种比对软件,如MAFFT、ClustalW和MEGA。这里以ClustalW为例,可以使用其网页工具进行比对。2️⃣ 将比对结果转换为.sto文件 这一步可以使用Python或网页工具。网页工具可以选择Fasta to Phylip Converter,选择文件并转换即可。3️⃣ 使用HMMER构建.hmm文件 使用hmmbuild命令构建HMM模型: hmmbuild Pfam.hmm...
Hmmer安装与使用 2014-09-19 19:44 −Hmmer的安装与使用 从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及。 ... ...
hmmer程序使用方法采用loadlever作业脚本方式提交作业用户需要修改输入序列和需要比对的数据库及需要运行的节点数和每节点任务数 Hmmer程序使用方法 采用LoadLever作业脚本方式提交作业,用户需要修改输入序列和需要比对的数据库,及需要运行的节点数和每节点任务数。 [loadl@f01n01 /gpfs/home/loadl/lltest]$vi hmmer....
2.软件使用 本文使用的数据例子都是安装包中提供的,在~/biosoft/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/tutorial目录中。 数据文件例子 2.1 hmmbuild构建HMM文件 该程序需要提供sto格式的序列比对文件,格式如图所示,它的主要区别就是# STOCKHOLM 1.0开头和//结尾。
muscle是最为广泛使用的多序列比对工具之一，其速度和准确度比clustal都要更加优秀，在几秒钟的时间就...
作者 大程HMMER被用于在序列数据库中搜索同源序列,产生同源序列比对,所使用的方法是基于隐马尔科夫模型。HMMER常常与profile数据库连用,例如Pfam等。但是HMMER同时能够处理特定的索引,并不仅仅是多序列比对后产生的profile文件,这个与BLAST很像。例如可以使用一条蛋白序列搜索特定的数据库,或者迭代搜索。HMMER的强大之处在...
hmmer从官网下载最新版:http://www.hmmer.org/ 通过filezilla上传到linux系统中。 用mv命令将其放置在固定位置,我一般是~/app gz文件用gunzip解压,tar文件用tar -xf 命令解压 cd hmmer-3.3.2 ./configure make make check 完成安装 接下来需要修改调用命令,使得在任何地方都能调用hmmer软件。 笔者... ...