作者 大程HMMER被用于在序列数据库中搜索同源序列,产生同源序列比对,所使用的方法是基于隐马尔科夫模型。HMMER常常与profile数据库连用,例如Pfam等。但是HMMER同时能够处理特定的索引,并不仅仅是多序列比对后产生的profile文件,这个与BLAST很像。例如可以使用一条蛋白序列搜索特定的数据库,或者迭代搜索。HMMER的强大
启动命令行: 需要注意在使用Cygwin的时候,所需要的对应的路径需要更改: /cygdrive/c/mypath/myfile 而不是 c:\mypath\myfile. 现在我们就可以体验HMMER啦! 接下来,我们通过一些范例程序演示如何使用HMMER: Hmmbuild、hmmsearch、hmmscan和hmmalign被誉为蛋白质domain分析和注释的核心四工具。 Phmmer和jackhmmer类似于...
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