写在前面从某个物种中鉴定某个家族的全部成员,一般有两种操作: 基于Domain,用hmmsearch等软件基于序列相似性,用BLAST等软件事实上,我个人是推荐第二种,尤其是目前绝大多数物种的基因结构注释存在问题。使用…
用hummer 的脚本(domain_xulie.pl)运行出来的保守结构域是空的,之前hummer search都很正常 hmmersearch impeccable2022-04-12 16:45:44 1回答 2915浏览 老师,我用hmmsearch 没搜索出结果,然后用拟南芥的query.fa和我要分析的物种cds进行blast分析,比对出来的基因只有几个,我老师说我要做的基因有200多个,完全对不...
插件地表最强 HmmerSearch 界面工具 写在前面 从某个物种中鉴定某个家族的全部成员,一般有两种操作: 1. 基于 Domain,用 hmmsearch 等软件 2. 基于序列相似性,用 BLAST 等软件 事实上,我个人是推荐第二种,尤其是目前绝大多数物种的基因 结构注释存在问题。使用第一种,遗漏的几率更大,比如正好保守结 构域区段...
#!/bin/bash mkdir search_out mkdir sequence mkdir protein # .hmm文件和pep蛋白文件要放在同一文件夹 # 先要安装hmmer和samtools # 蛋白文件以.fa结尾,可根据需要修改 dir=$(ls *.fa) # hmm文件,用hmmbuild构建或pfam下载,只能有一个hmm文件在此文件夹 n=$(ls *.hmm) # 遍历所有蛋白fasta文件 for i...
1.2 用HmmerSearch对基因家族进行初筛。 因为想对多个数据进行批量处理,在网上找到了这个。 前辈是用python基于Windows写的脚本,在Linux中运行效果不大好,菜鸟不知道咋改。 照着书写了个批量处理的shell脚本,这个基因组数据都是在Ensembl下载的,不同数据库下载的可能不同,试验的处理样品较少还没验证,后期改善。
于是,我一边带娃,一边写了今天这个插件(其实是委托运营团队的Feature Request)。 写完这个插件,我个人还是比较满意。毕竟从某个角度来说,TBtools又少了一些被人吐槽的点(尽管我还是不明白,不就HMM,有啥好吐槽的),也多了一个极度友好的功能! 使用极其简单 ...
HMMER can be downloaded and installed as a command line tool on your own hardware, and now it is also more widely accessible to the scientific community via new search servers at the European Bioinformatics Institute. 以上是官网的介绍,简单来说,hmmer是使用隐马尔可夫模型,在序列数据库中搜索同源序列...
HMMER Sequence SearchLars Skjaerven
MPI_RANKS=$(nproc) export OMP_NUM_THREADS=1 MPI_OPTS="-np $MPI_RANKS --bind-to core " # Run Command to carry out search using hmmsearch binary mpirun $MPI_OPTS hmmsearch --mpi -o hmmsearch.out Pfam-A.hmm uniprot_sprot.fasta Copy Note: The above build and run steps are tested wit...
RepeatMasker is a program that screens DNA sequences for interspersed repeats and low complexity DNA sequences. - RepeatMasker/HMMERSearchEngine.pm at feature/v4.1.0-70-chr-id · logsdon-lab/RepeatMasker