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先简单说一下HMMER安装过程吧。 从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度,但其应用远没有blast普及。 下载官网 http://hmmer.org/ 下载后tar -zxvf 解压, cd ./configure --prefix=/pu...
在Ubuntu 24.04 LTS上安装HMMER(Hidden Markov Model ER),你可以按照以下步骤进行操作。HMMER是一款用于搜索和分析生物序列数据库中隐藏马尔可夫模型的工具,广泛应用于生物信息学领域。 1. 检查Ubuntu 24.04 LTS的系统要求和HMMER的兼容性 Ubuntu 24.04 LTS通常满足HMMER的基本系统要求,但最好检查HMMER的官方文档或发布说...
我采用的是Source Code 安装方法进行安装 具体方法如下 查看hmmer软件解压中的内容 yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll total1036drwxr-xr-x10yeyuntian yeyuntian40967月1720:35./drwxrwxr-x3yeyuntian yeyuntian40967月1720:40../-rw-r--r--1yeyuntian yeyuntian441666月1...
一、HMMER 简介及安装 原文链接:HMMER 官方文档学习笔记系列——HMMER 简介及安装 1. 说明 “MMER 官方文档学习笔记系列”是本人在阅读 HMMER 官方文档来学习 HMMER 使用方法的过程中整理的学习笔记类教程。该系列主要以 HMMER 官方文档为参考,因此包含很多对原文档的直接翻译和直接摘录。旨在通过转述官方文档说明,帮助...
Hmmer的安装与使用 从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及。 hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装: ...
windows系统安装HMMER 3.0,下载地址: http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip 选中网址--右击--选择迅雷下载,即可下载,下载后解压即可。 添加环境变量 复制地址--右击此电脑--打开属性--选择高级系统设置--点击环境变量--选择用户变量path点击编辑--新建--将复制的地址粘贴至新建框即可 ...
window上安装harbor windows安装hmmer软件 HMMer在Windows环境下的安装 遇到的困难 官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接 下载链接404 解决 方案1 方案2 遇到的困难 刚刚入门生信,想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统,但是日常用的系统还是Windows(移动硬盘带Ubuntu还是有点二的),因此想...
brew install hmmer 但是发现hmmer并不原生支持M1,所以会报错。官方给出的解决方案是在rosetta2 环境下进行安装,但是并没有给出可行的执行方案,十分可惜。 homebrew 给出一条路线:通过安装双brew解决问题:一个是arm架构的brew,一个是intel架构的brew。 同过阅读brew的安装脚本可以发现,两个brew的tar包完全一致,唯一...
windows系统安装HMMER 3.0,下载地址: http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip 选中网址--右击--选择迅雷下载,即可下载,下载后解压即可(建议直接解压到分区盘,如D盘下,为方便使用可以把文件夹名称Hmmer 3.0直接改为Hmmer)。 添加环境变量 ...