Verkko 和 hifiasm (UL) 的组装都比 hifiasm 的仅 HiFi 组装更连续,表明超长读数的额外力量。 为了评估多倍体组装,我们进一步组装了一个四倍体马铃薯基因组。由于 Verkko 不支持多倍体分相,只有 hifiasm (UL) 和 hifiasm (HiFi) 被应用,使用了所有 HiFi 读数和最小长度为 50 kb 的超长读数。通过利用后代的额外遗...
nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --ul ONT.fq.gz Hifi.fq.gz 2>&1 > hifiasm.log & 参数 用--ul指定ONT数据。 6. references Hifiasm manual:https://hifiasm.readthedocs.io/_/downloads/en/latest/pdf/ --- - 欢迎关注微信公众号:**生信技工** - 公众号主要分享生信分析、生信软件、基因组...
asm -t32 --ul ul.fq.gz -1 pat.yak -2 mat.yak HiFi-reads.fq.gz parental 当有父本的短读取可用时,hifiasm 还可以通过 trio binning 生成一对单倍型解析的组装。要进行这样的组装,您首先需要使用 yak 对 k-mer 进行计数,然后再进行组装。 代码语言:javascript 复制 yak count -k31 -b37 -t16 -o...
# Single-sample telomere-to-telomere assembly with HiFi,ultralong and Hi-C reads hifiasm -o HG002.asm --h1 read1.fq.gz --h2 read2.fq.gz --ul ul.fq.gz HG002-HiFi.fq.gz --ul ONT测序数据 3.还有其他复杂的参数,可以去学习,简单说几个 --hom-cov --hom-cov INT homozygous read cover...
/share/nas1/pengzw/software/hifiasm-0.19.3/hifiasm -o hifiasm.asm -t40 --h1 H0001_good_1.fq.gz --h2 H0001_good_2.fq.gz --ul $ont $fa 2> assemble.log #不加hic组装 fa=ccs.fasta ont=ont.fa /share/nas1/pengzw/software/hifiasm-0.19.3/hifiasm -o hifiasm.asm -t40 --ul $...
# only ONThifiasm -o NA12878.asm -t32 --ul ul.fq.gz HiFi-reads.fq.gz# + Hi-Chifiasm -o NA12878.asm -t32 --ul ul.fq.gz --h1 read1.fq.gz --h2 read2.fq.gz HiFi-reads.fq.gz# + parentalhifiasm -o NA12878.asm -t32 --ul ul.fq.gz -1 pat.yak -2 mat.yak HiFi-reads...
hifiasm -o NA12878.asm -t32 --ul ul.fq.gz -1 pat.yak -2 mat.yak HiFi-reads.fq.gz Self-scaffolding For diploid haplotype-resolved genome assembly, hifiasm can further enhance assembly contiguity by introducing scaffolding. It leverages the assemblies of the two haplotypes to scaffold each ot...
hifiasm -o NA12878.asm -t32 --ul ul.fq.gz -1 pat.yak -2 mat.yak HiFi-reads.fq.gz Output files Hifiasm generates different types of assemblies based on the input data. It also writes error corrected reads to theprefix.ec.bin binary file and writes overlaps toprefix.ovlp.source.bin...
用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组:(一)简介Hifiasm软件和HiFi数据 下一篇 » 用Hifiasm组装基因组:(二)Hifiasm软件的算法 引用和评论 注册登录 获取验证码 新手机号将自动注册 登录 微信登录免密码登录密码登录 继续即代表同意《服务协议》和《隐私政策》
hifiasm_dev_debug doc-update dev-lh3 hifiasm-v0.14 for_adapter hifiasm_high_het contain flt-p chain-tune 0.18.5 0.18.4 0.18.2 0.18.1 0.18.0 0.17.7 r460 r458 r455 0.17.3 0.16.1 0.16.0 0.15.5 0.15.4 0.15.3 0.15.2 0.15.1 0.15 0.14.2 0.14.1 克隆/下载 克隆/下载 HTTPS SSH ...