https://reneshbedre.github.io//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc
之前写过的Genbank的gbff格式转gff3格式的运行环境对于很多非计算机行业的同学不是很友好,在帮助一位网友处理格式转换之后,整理了下面这个python转换的方式(注:本人的生物信息等知识还停留在高中水平,只是曾经帮助过同学处理过一个gbff格式转gff3的问题,所以纰漏之处,希望各位大神指出) python代码 # 导入依赖,如提示没...
和UCSCtools-gff3ToGenePred基本上会丢失很多的feature-type,基本上只留下了CDS和exon,python3-bioinfokit可以多保留一些,包括miRNA、transcript等信息,但都不尽如人意,在复杂的结构注释情况下如此多的信息丢失是不可原谅的,鉴于python3-bioinfokit代码已读且开源,我们将以此为模板进行升级,并命名为python3-bioinfo...
gffutils是一个Python软件包,用于处理和处理通常用于基因组注释的GFF和GTF格式文件。 文件被加载到sqlite3数据库中,与仅使用纯文本方法相比,可以对层次结构特征(例如,基因,转录本和外显子)进行更为复杂的操作。 请参阅文档。点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:15 积分 电信网络下载 ...
今天有一个需求,就是要将gtf中的转录本转成fasta序列,一开始是想着用bedtools getfasta实现,awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools,但是结果发现bedtools是单纯按照坐标取出来的,也懒得自己写脚本取了,搜一下发现cufflinks中有个程序可以实现。 如上图所示,“ENSMUST00000082908.1”转录本是这两个exons,取出这个转录本...
【Python3爬虫】网络小说更好看?十四万条书籍信息告诉你 2019-12-05 09:34 − 一、前言简述 因为最近微信读书出了网页版,加上自己也在闲暇的时候看了两本书,不禁好奇什么样的书更受欢迎,哪位作者又更受读者喜欢呢?话不多说,爬一下就能有个了解了。 二、页面分析 首先打开微信读书:https://weread.qq...
Code-Contribution:JAVA | C ++ | C | Python | 开源| 贡献-java source code 2025-04-25 00:06:23 积分:1 软考之软件设计师资料 2025-04-25 00:10:05 积分:1 JavaFXKteam:Kteam中的JavaFx源代码-java source code 2025-04-25 00:14:16 ...
python myScript.py myFile.gtf > myFile.gff GTF to GFF import sys inFile = open(sys.argv[1],'r') for line in inFile: #skip comment lines that start with the '#' character if line[0] != '#': #split line into columns by tab ...
请问可以实现将gbff格式的文件转化为gtf或gff吗？因为我没有计算机背景，现在急用数据，所以希望能够获得...
今天有一个需求,就是要将gtf中的转录本转成fasta序列,一开始是想着用bedtools getfasta实现,awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools,但是结果发现bedtools是单纯按照坐标取出来的,也懒得自己写脚本取了,搜一下发现cufflinks中有个程序可以实现。 如上图所示,“ENSMUST00000082908.1”转录本是这两个exons,取出这个转录本...