if not _output_filename: print("没有指定输出名称,默认将输入文件名的gbff改为gff") _output_filename = _input_filename.replace("gbff", "gff") confirm = input(f"请确认输入的文件名是否正确:\n输入:{_input_filename};\n输出:{_output_filename}\n确认请
>>> from bioinfokit.analys import gff >>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3") 转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。
>>> from bioinfokit.analys import gff >>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3") 转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。
gtf=open("/data/database/barley_pan_genome/barley_genome/gtf/{q}".format(q=f),"r") i=0 #exon计数可用,也可放置在上个循环内 for lines in gtf.readlines(): a=lines.split("\t") #1、如果id与品种的gff文件不匹配,在遍历完gff所有行后会进行下一个文件,直至匹配到相同品种的gff #2、如果id...
Python-gffutils是一个用于处理GFF文件的库,它提供了一些常用的功能,如读取、写入、修改和删除GFF文件。GFF文件是一种常见的生物信息学数据格式,用于存储基因序列和注释信息。 GTF文件是另一种常见的生物信息学数据格式,用于存储基因组注释信息。Python-gffutils可以方便地将GFF文件转换为GTF文件,反之亦然。这样,我们...
二、GTF解析工具GTFtools 虽然规定了GTF的格式,然而,实际使用中,由于不同软件,不同研究所产生的GTF格式略有差异,因此这给我们数据分析带来了极大的挑战,具不完全统计,GTF解析工具包括:GTFtools,GTFutil,gffread,TBtools,GFFtools-GX,gtfparse,pyGTF等等。
二、GTF解析工具GTFtools 虽然规定了GTF的格式,然而,实际使用中,由于不同软件,不同研究所产生的GTF格式略有差异,因此这给我们数据分析带来了极大的挑战,具不完全统计,GTF解析工具包括:GTFtools,GTFutil,gffread,TBtools,GFFtools-GX,gtfparse,pyGTF等等。
1.下载基因组注释文件,选择对应的版本: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/ 2.GTF 为General Transfer Format ,熟悉格式 http://www.huoyunjn.com/wuliuxinwen/2/33709819.htm。 第三列feature- 后面start和end之间区域代表的特征,如果此区域是基因,则此处为gene,如果...
二、GTF解析工具GTFtools 虽然规定了GTF的格式,然而,实际使用中,由于不同软件,不同研究所产生的GTF格式略有差异,因此这给我们数据分析带来了极大的挑战,具不完全统计,GTF解析工具包括:GTFtools,GTFutil,gffread,TBtools,GFFtools-GX,gtfparse,pyGTF等等。
example02.gtf文件的内容 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ##gff-version3# gffread v0.12.7# gffread-E--keep-genes/mnt/shared/scratch/wguo/barkeRTD/stringtie/B1/Stringtie_B1.gtf-o00.newgtf/B1/Stringtie_B1_new.gtf