使用Python读取GFF文件是进行生物信息学研究中常见任务之一。
首先,我们需要读取GFF文件并解析其中的数据。biopython库提供了一个方便的SeqIO模块,可以用于读取和解析不同的生物信息学文件格式,包括GFF。 下面是一个示例,展示了如何读取和解析GFF文件: fromBioimportSeqIOdefparse_gff(gff_file):records=SeqIO.parse(gff_file,"gff")forrecordinrecords:forfeatureinrecord.feature...
去除指定基因类型的注释文件, 比如这个例子是去除注释文件中的所有蛋白编码基因 in_handle=open("tunisia.gff",'r')fw=open("pra-3.gff",'w')forrec in GFF.parse(in_handle):tmp=rec.features i=0index2delete=[]forfeature in rec.features:i=i+1iffeature.type=="gene"and feature.qualifiers["gene_...
conn.commit() self.gff.seek(0) self.conn = conn else: self.conn = sqlite3.connect(self.index) 建序效果 至此,我们已经可以完成对gff3文件的建序工作,接下来,就可以对每一行来进行解析,方便提取信息 基于gff3文件是由9行构成的,且由tab(\t)分...
基因结构注释文件一般为gff3的格式,一共是9列,依次为基因组序列id,注释来源,类型,起始位置,终止位置,得分,正负链,相位,属性。 基因结构注释文件中,基因包含mRNA,mRNA包含exon, CDS, UTR等信息,同时在注释文件中除基因行外,其他行在第9列会通过Parent指明该行从属的上一级ID,也就是一个基因的gene行、mRNA行、...
python中 从gff文件提取指定基因信息 1、测试数据下载:ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、 [root@PC1 test2]# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz...
Pysam是一个用于读取、操作和编写基因组数据集的 python 模块。它是 htslib C-API 的轻量级包装器,提供读取和写入 SAM / BAM / VCF / BCF / BED / GFF / GTF / FASTA / FASTQ 文件以及访问 samtools 和 bcftools 包的命令行功能的工具. 主要功能模块 ...
gffutils的核心是sqlite数据库,需要将解析的gff文件中的基因特征和关系存入数据库文件中,若再次使用时,就可直接使用生成的数据库文件。gff文件可以是纯文本形式,也可以是压缩格式。 2.数据下载url:https://www.vectorbase.org/download/anopheles-atroparvus-ebroscaffoldsaatre1fagz 3.gffutils.createdb(gfffilename,...
1.平常从下载的植物基因组注释文件,以gff3格式为 上面是从JGI上下载的玉米基因组的注释文件(gff3格式),第一例通常为基因的定位信息。1则表示位于玉米的1号染色体上,第二例表示注释的版本信息,第三列通常为gene,mRNA,CDS等信息,同时一个基因可能对应多个mRNA,对生物有些了解的也知道,一个mRNA即是一个转录信息,...
GFF file文件读取注释信息 将RNA-Seq实验中的比对结果分配给外显子和基因。 --- 安装:pip install HTSeq 服用方法 1. 读取fastq,获取read信息 >>> import HTSeq >>> import itertools >>> fastq_file = HTSeq.FastqReader( "test.fastq.gz") >>> for read in itertools.islice(...