if not _output_filename: print("没有指定输出名称,默认将输入文件名的gbff改为gff") _output_filename = _input_filename.replace("gbff", "gff") confirm = input(f"请确认输入的文件名是否正确:\n输入:{_input_filename};\n输出:{_output_filename}\n确认请按Enter,重新输入请按Ctrl+C重新运行程序...
>>> from bioinfokit.analys import gff >>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3") 转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。
>>> from bioinfokit.analys import gff >>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3") 转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。
gtf=open("/data/database/barley_pan_genome/barley_genome/gtf/{q}".format(q=f),"r") i=0 #exon计数可用,也可放置在上个循环内 for lines in gtf.readlines(): a=lines.split("\t") #1、如果id与品种的gff文件不匹配,在遍历完gff所有行后会进行下一个文件,直至匹配到相同品种的gff #2、如果id...
首先是根据gff文件获取每条染色体的长度 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 from BCBioimportGFFin_handle=open("tunisia.gff",'r')forrecinGFF.parse(in_handle):forfeatureinrec.features:iffeature.type=="region":chromo=feature.qualifiers['ID'][0]chrid=chromo.split(":")[0]chrLen=...
使用pybedtools , 第一步就是导入pybedtools 包和创建BedTool对象。BedTool对象封装了BedTools程序所有可用的程序功能,使它们可以更好的在Python中使用。所以,大多情况,我们用pybedtools ,即在操作BedTool对象。BedTool对象的创建可以使用interval file (BED, GFF, GTF, VCF, SAM, or BAM format)。
ThePython GTF toolkit (pygtftk) packageis intended to ease handling of GTF/GFF2.0 files (Gene Transfer Format). It currently does not support GFF3 file format. The pygtftk package is compatible with Python 3.9 and relies onlibgtftk, a library of functionswritten in C. ...
当当网图书频道在线销售正版《Python Web开发从入门到精通》,作者:明日科技,出版社:清华大学出版社。最新《Python Web开发从入门到精通》简介、书评、试读、价格、图片等相关信息,尽在DangDang.com,网购《Python Web开发从入门到精通》,就上当当网。
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1、算GC含量 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 defvalidate_base_sequence(base_sequence, RNAflag=False):#判断序列是否只含有A、T、G、C、U seq=base_sequence.upper() returnlen(seq)==(seq.count('U'ifRNAflagelse'T')+seq.count('C')+ ...