gmx energy -f md_results_1.edr -o output.xvg # then choose the items that u wanna output 同样还可以利用上述命令,提取体系potential、total-energy等参数信息进行分析。 轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况,需要校正模拟体系的周期性。 首先将蛋白质和配体组合为一组,保存为 prolig_center.ndx,在...
通过命令提取模拟过程中随时间变化的体系参数数据,然后利用此命令给出的各参数平均值等数据,以及根据数据绘制得到的参数随时间变化的折线图,即可以判断体系是否在预设的参数条件下运行。 同样还可以利用上述命令,提取体系potential、total-energy等参数信息进行分析。 轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况,需要校正模...
非刚体-DPOSRES :限制自由度constraints = all-bonds;integrator = md ; 算法, md这里表示蛙跳算法dt = 0.001; psl ;时间步长nsteps = 1000 ; total 10ps ; 步数comm_ mode = None ; linear对质心平动, anglar平动+转动, none对质心无限制nstxout = 0 ;...
gmx energy -f md_results_1.edr -o output.xvg # then choose the items that u wanna output 同样还可以利用上述命令,提取体系potential、total-energy等参数信息进行分析。 轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况,需要校正模拟体系的周期性。 首先将蛋白质和配体组合为一组,保存为 prolig_center.ndx,在...
本实验分析从RMSD,RMSF,TOTAL ENERGY三个方面进行计算作图观察。通过计算?RMSD?来当作评估蛋白质结构的可信度:?在模拟过程中,分子会不断的发生变化,而对于我们而言,必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation较小时)再进一步进行分析,这样才比较有意义。所以本实验还需要延长时间到完全平衡。从总能量上看,它在-1.383...
(里面包括MDP,Methane,.sh脚本,在命令行使用pwd即可获得) #"/home/eric/free_energy/04.US/configura" 即为我所有模拟配置文件所在根目录 FREE_ENERGY=/home/eric/free_energy/04.US/configura echo "Free energy home directory set to $FREE_ENERGY" MDP=$FREE_ENERGY/MDP echo ".mdp files are stored ...
本实验分析从RMSD,RMSF,TOTAL ENERGY三个方面进行计算作图观察。通过计算?RMSD?来当作评估蛋白质结构的可信度:?在模拟过程中,分子会不断的发生变化,而对于我们而言,必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation较小时)再进一步进行分析,这样才比较有意义。所以本实验还需要延长时间到完全平衡。从总能量上看,它在-1.383...
成功结束后,总能量输出在energy.dat文件中,使用文本编辑器打开即可见到下图所示内容。其中ΔTOTAL是我们需要的结合自由能,其他以Δ开头的是各个能量项。 能量单位是kcal/mol,温度是 298.15 K。 SD和SEM分别为标准偏差和平均值标准误差,SD(Prop...
9 Coul.-recip. 10 Potential 11 Kinetic-En. 12 Total-Energy 13 Temperature ...
图1 红色方框处）；在图1中，选择9 Temperature，也可看到RMSD值，但与图1的选择11 Total-energy不...