一、能量组排除 energygrp_excl = Protein Protein SOL SOL ;排除非键相互作用的能量组pairs 。(eg.此时只考虑蛋白质和溶剂之间的非键相互作用) walls ;只适用于pbc=xy 。 Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald nwall = 0 ;默认为0 。 1 代表z=0 处有一...
energygrp_excl = ;排除一对组之间的非键相互作用,在能量计算等方面应用 15. COM pulling pull = ; no ; umberlla ; constraint-al; 16.Free energy calculations free_energy = ; no ; 仅适用拓扑A yes ; lambda 插值
energygrp-excl = Protein Protein SOL SOL 这一项是在计算力的时候就不算Protein和SOL内部的非键相互...
; name nrexcl S 0 [ atoms ]; nr type resnr residu atom cgnr charge ...
键为Morse势能14.Energy group exclusionsenergygrp_excl = ;排除一对组之间的非键相互作用,在能量计算等方面应用15. COM pullingpull = ;no ;umberlla ;constraint-al;16.Free energy calculationsfree_energy = ;no ; 仅适用拓扑Ayes ; lambda 插值———版权声明:本文为CSDN博主「DrugAI」的原创文章,遵循CC...
;能量组排除 energygrp_excl = Protein Protein SOL SOL ;排除非键相互作用的能量组pairs 。(eg.此时只考 虑蛋白质和溶剂之间的非键相互作用) ;walls ;只适用于pbc=xy 。 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald nwall = 0 ;默认为0 。1代表z=0处有一...
1 mdp里利用energygrp-excl排除纳米管与纳米管自己的相互作用 2 我不知道你说的“三种命令”指什么，...
02 “关闭A-A之间的静电/范德华相互作用”设置energygrp-excl为A A就可以，但如果你是指只关掉静电...
nsteps=;积分或能量最小化步数(-1为无穷大)init_step=;起始步 comm_mode=;质心运动控制 Linear;限制质心平移 Angular;限制质心平移及绕心转动 No；无限制 nstcomm=;质心移动频率（默认为10步）comm_grps=;组质心设定，默认为整个体系 3Langevindynamics 4Energyminimization emtol=;能量最小化收敛值，默认为10....
No ；无限制 2-7 nstcomm = ; 质心移动频率（默认为10步）2-8 comm_grps = ; 组质心设定，默认为整个体系 3 Langevin dynamics 4 Energy minimization 4-1 emtol = ; 能量最小化收敛值，默认为10.0 KJ mol-1 nm-1 4-2 emstep = ; 初始步长，默认为0.01 nm (4-1/2 用于stee...