ref_p–压力耦合的参照压力(单位bar,1大气压~ 0.983 bar)。 grompp –f pr.mdp –c fws_b4pr.pdb –p fws.top –o pr.tpr –maxwarn 3 nohup mdrun –s pr.tpr –o pr.trr –c fws_b4md.pdb –e pr.edr –g pr.log & 用tail命令检查pr.log文件。 三、设置非限制性动力学模拟 md.mdp文件...
ref_t = 300 pcoupl = Parrinello-Rahman pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2 ; time constant (ps) ref_p = 1.0 ; reference pressure (bar) compressibility = 4.5e-05 ; isothermal compressibility of water (bar^-1) ;--- ; VELOCITY GENERATION ;--- gen_vel...
ref_t = 300 300 Pcoupl = Berendsen (耦合压力的方式) Pcoupltype = Isotropic (各向同性耦合) tau_p = 1.0 (耦合时间常数 1ps) compressibility = 4.5e-5 (可压缩性,水在一个大气压时为此值) ref_p = 1.0 (耦合参考气压,1个大气压) gen_vel = yes ; gen_temp = 300.0 ; gen_seed = 9999 ;...
ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl = Parrinello-Rahman ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in b...
ref_t = 300 300 记住:如果要加入氯离子,需要重新运行第6步的grompp。首先删除旧的 fws_em.tpr 文件,然后运行下面的 grompp命令: grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr 9 在后台运行能量最小化 nohup mdrun –v –s fws_em.tpr –o fws_em.trr –c fws_b4pr.pdb...
ref_p–压力耦合的参照压力(单位bar,1大气压~ 0.983 bar)。 grompp –f pr.mdp –c fws_b4pr.pdb –p fws.top –o pr.tpr –maxwarn 3 nohup mdrun –s pr.tpr –o pr.trr –c fws_b4md.pdb –e pr.edr –g pr.log & 用tail命令检查pr.log文件。 三 md.mdp文件和pr.mdp文件相仿。有几...
Pcoupl = no tau_p = 0.5 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 300 K. gen_vel = yes gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 --- 命令格式 grompp -f pr -c MOL_b4pr -r MOL_b4pr -p MOL -o MOL_pr >& ! output.grompp_pr ### ### MDRUN PR ##...
pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is onforNPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p =2.0; time constant, in ps ref_p =1.0; reference pressure, in bar compressibility =4.5e-5; isothermal compressibility of water, bar^-1refcoord_scaling = com ...
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 将.tpr文件传递给genion程序,提示选择替换溶剂分子的group时选择“SOL”(15),得到得到solv_ions.gro文件。 gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral ...
ref_p –压力耦合的参照压力(单位 bar,1大气压~bar)。 grompp–f –c–p–o–maxwarn3 nohupmdrun–s–o–c–e–g 用tail命令检查文件。三设置非限制性动力学模拟文件和文件相仿。有几处不一样,define声明不再需要,因我们不再做地址限制模拟。用于explicitsolvation的文件内容(特别说明:做真空模拟,去掉温度...