PLUMED：2.9.0 OpenMPI：5.0.1 CUDA：12.3 (1) ThreadMPI + OpenMP + CUDA cmake .. -DGMX...
1.Metadynamics(MtD)可以使用PLUMED 和Colvars等分子模拟计算自由能的插件,限于篇幅问题下次更新做单独的更新 3.8.进阶教程:使用gromacs计算配体与受体的结合自由能 该过程如下图所示:在这个热力学循环中,我们需要模拟的系统由它们周围的黑色圆圈表示,限制势的存在由回形针指示,白色配体意味着它不与环境相互作用(但仍存在...
Plumed-2.8.1: GCC-9.3.0 + OpenMPI-4.1.4 Gromacs-2022.3: GCC-9.3.0，经上述Plumed-2....
此前 Gromacs 做增强采样一般用 Plumed,但是对小版本有限制(不过 Gromacs 2025 开始原生支持有限功能了)。Gromacs 2024 起支持了 Colvars,也是一个不错的增强采样库,很实用。为方便其使用,我在我的 VSCode 扩展 gromacs helper 里面加了一个功能,以快速生成 Colvars 增强采样所需的参数文件。 Colvars 的介绍: ...
macports-packages-gromacs-plumed安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含macports-packages-gromacs-plumed安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
Version:Gromacs2022.5 cp2k2022.1 Plumed2.8.2 ### actin.gro and actin.top files are from actin.inpcrd and actin.prmtop, and the charges are normal amber charges and LJ parameters are 0 for HW (hydrogen of water) and OH (hydrogen of Ser, Thr and Tyr). Note:do not change the...
CMAKE_EXTRA_OPTIONS: -DGMX_INSTALL_LEGACY_API=ON -DGMX_USE_TNG=no -DGMX_USE_COLVARS=NONE -DGMX_USE_PLUMED=OFF gromacs:clang-14:build: extends:79 changes: 79 additions & 0 deletions 79 cmake/gmxManagePlumed.cmake Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -0,0 ...
Gromacs编译 » 计算软件编译» Gromacs编译 Gromacs编译 Gromacs2020.6 GPU编译 Gromacs2020.6带plumed插件编译
常见的工具是PLUMED,前面写过一篇相关的安装与使用的文章。当然其实采样算法也并不是难以实现,更大的难点是在于跟已有框架的结合与交互,相对来说门槛要高一些。常用的增强采样的方法比如MetaDynamics,可以用这样一个比较具象的案例来描述:在一个自定义的序参量所对应的势能面上堆土,直到分子体系可以在...
plumed.dat 文件怎么写啊？我按照手册里的例子写的算出来好像不对啊。有谁用过可不可以发一个plumed....