1.Metadynamics(MtD)可以使用PLUMED 和Colvars等分子模拟计算自由能的插件,限于篇幅问题下次更新做单独的更新 3.8.进阶教程:使用gromacs计算配体与受体的结合自由能 该过程如下图所示:在这个热力学循环中,我们需要模拟的系统由它们周围的黑色圆圈表示,限制势的存在由回形针指示,白色配体意味着它不与环境相互作用(但仍存在...
再者,首先先安装plumed 进入下载好的plumed文件夹 ./configure --prefix=/usr/md/plumed# 编译make -j make install -j vim ~./bashrc# 添加环境变量exportPATH=/usr/md/plumed/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/usr/md/plumed/lib:$LD_LIBRARY_PATHplumed# 测试#为了安装对对应版本的gromacs先:plumed patch ...
moduleaddGROMACS/2021.5-foss-2021b-CUDA-11.4.1-PLUMED-2.8.0#加载软件 exportGMX_GPU_DD_COMMS=true exportGMX_GPU_PME_PP_COMMS=true exportGMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true #生成tpr格式输入文件,如果已有tpr格式文件则不需要写 #gmx grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p tpr_file.top -o tpr_file...
常见的工具是PLUMED,前面写过一篇相关的安装与使用的文章。当然其实采样算法也并不是难以实现,更大的难点是在于跟已有框架的结合与交互,相对来说门槛要高一些。常用的增强采样的方法比如MetaDynamics,可以用这样一个比较具象的案例来描述:在一个自定义的序参量所对应的势能面上堆土,直到分子体系可以在...
--with-plumed=install \ # 安装 PLUMED 库,用于增强采样和自由能计算 --enable-cuda=yes \ # 启用 CUDA 支持,用于 GPU 加速 --gpu-ver=K20X # 指定 GPU 版本为 K20X #--gpu-ver currently only supports K20X, K40, K80, P100, V100, A100, Mi50, Mi100, Mi250, and no as options ...
plumed.dat 文件怎么写啊？我按照手册里的例子写的算出来好像不对啊。有谁用过可不可以发一个plumed....
pymol gromacs md plumed Updated Oct 3, 2019 Jupyter Notebook leelasd / OPLSAA-DB Star 31 Code Issues Pull requests Database of hand-built OPLS-AA parameters and topologies for 464 molecules. Zip files contains parameter and topologies for OpenMM, Gromacs, NAMD, CHARMM, LAMMPS, TINKER, ...
./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=system --with-scalapack=no --with-sirius=no --with-plumed=system --with-mpich=install --with-intel=no --with-openmpi=no --with-fftw=install --with-elpa=install 使用BLAS+SCALAPACK+MPICH,这里运行之后屏幕上一定不能出现识别到intel MP...
PLUMED：2.9.0 OpenMPI：5.0.1 CUDA：12.3 (1) ThreadMPI + OpenMP + CUDA cmake .. -DGMX...
Plumed-2.8.1: GCC-9.3.0 + OpenMPI-4.1.4 Gromacs-2022.3: GCC-9.3.0，经上述Plumed-2....