GPU-Util：81% 运行时间：3865 s gmx_mpi -pin on -ntomp 16 -v -deffnm md -plumed meta....
Plumed-2.8.1: GCC-9.3.0 + OpenMPI-4.1.4 Gromacs-2022.3: GCC-9.3.0，经上述Plumed-2....
参考PLUMED对不同MD引擎的支持方式,开发者在DeePMD-kit的Github仓库里维护了对于不同版本GROMACS代码的补丁(patch),但是目前只支持2020.2版本。用户需要到Github仓库中下载最新版(2.0.2)DeePMD-kit源码并编译安装。 地址: github.com/deepmodeling 在安装目录的bin子目录下,会生成 dp_gmx_patch 的可执行文件。运行下面...
本文在Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样等帖子的指导下完成。 前置知识 C++项目目录结构 以OpenMPI 为例,项目一般采用如下目录结构: openmpi411/ ├── bin ├── etc ├── include ├── lib └── share 其中bin 为可执行文件目录,一般需要添加到 PATH 环境变量;lib 为库目录,可添加到 LD...
Gromacs编译 » 计算软件编译» Gromacs编译 Gromacs编译 Gromacs2020.6 GPU编译 Gromacs2020.6带plumed插件编译
常见的工具是PLUMED,前面写过一篇相关的安装与使用的文章。当然其实采样算法也并不是难以实现,更大的难点是在于跟已有框架的结合与交互,相对来说门槛要高一些。常用的增强采样的方法比如MetaDynamics,可以用这样一个比较具象的案例来描述:在一个自定义的序参量所对应的势能面上堆土,直到分子体系可以在...
GPU版GROMACS作业示例 Step 1. 在该文件夹下创建如下执行脚本gromacs.sh: #!/bin/bash moduleaddGROMACS/2021.5-foss-2021b-CUDA-11.4.1-PLUMED-2.8.0#加载软件 exportGMX_GPU_DD_COMMS=true exportGMX_GPU_PME_PP_COMMS=true exportGMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true ...
All simulations were performed usingGROMACS4.6 or 5.0 [14]. GROMACS generally performs well in parallel because it uses multi-level parallelism. In addition, we used the PLUMED [15] plug-in in GROMACS, which serves as a wrapper to enable adaptive biasing force (ABF) [16] andmetadynamicssimula...
Program: gmx mdrun, version 2021.4-plumed-2.7.3 Source file: src/gromacs/taskassignment/findallgputasks.cpp (line 86) Fatal error: Cannot run short-ranged nonbonded interactions on a GPU because no GPU is detected. For more information and tips for troubleshooting, please check the...
尝试过用IntelMPI成功编译出CP2K,但是将CP2K的库编译到GROMACS中时出现报错,许多错误是MPI_xxx命令无法识别相关。cpu版的GROMACS可能不能用Intel MPI?不太懂,没反复仔细测试。官方手册中仅在GPU-aware MPI support小节中提到可以用不低于2018.8 版本的Intel MPI与GPU配合。