本人在安装plumed+cp2k+gromacs遇到了大量未知问题，特此记录并形成相关文档，帮助后续人员能顺利完成安装。
然后直接用configure安装 ./configure --prefix=/usr/local/plumed/2.7.2 make -j24 make install 复...
macports-packages-gromacs-plumed安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含macports-packages-gromacs-plumed安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
cd cp2k-2024.3/tools/toolchain/ sudo sh install_requirements_ubuntu.sh ./install_cp2k_toolchain.sh --with-gcc=system --with-cmake=install --with-openmpi=install --with-fftw=install --with-quip=no --with-pexsi=no --with-elpa=no --with-sirius=no --target-cpu=haswell --with-plumed=i...
本文在Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样等帖子的指导下完成。 前置知识 C++项目目录结构 以OpenMPI 为例,项目一般采用如下目录结构: openmpi411/ ├── bin ├── etc ├── include ├── lib └── share 其中bin 为可执行文件目录,一般需要添加到 PATH 环境变量;lib 为库目录,可添加到 LD...
[Gromacs ] 有没有人用Gromacs+Plumed算过Targeted MD? 15 (1/1376) 00陨石00 2016-01-24 2016-01-24 18:54:19 by 00陨石00 [Gromacs ] gromacs,对水分子的处理,如果mdp同时定义了-DFLEXIBLE和constraints=h-bonds 20 (0/1045) 吉米爱多 2016-01-22 2016-01-22 19:40:06 by 吉米爱多 [Gromac...
./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=system --with-scalapack=no --with-sirius=no --with-plumed=system --with-mpich=install --with-intel=no --with-openmpi=no --with-fftw=install --with-elpa=install 使用BLAS+SCALAPACK+MPICH,这里运行之后屏幕上一定不能出现识别到intel MP...
安装的plumed2.0版本， NAMD是•Linux-x86_64-multicore-CUDA (NVIDIA CUDA acceleration)版本，这两...
常见的工具是PLUMED,前面写过一篇相关的安装与使用的文章。当然其实采样算法也并不是难以实现,更大的难点是在于跟已有框架的结合与交互,相对来说门槛要高一些。常用的增强采样的方法比如MetaDynamics,可以用这样一个比较具象的案例来描述:在一个自定义的序参量所对应的势能面上堆土,直到分子体系可以在...
./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=system --with-scalapack=no --with-sirius=no --with-plumed=system --with-mpich=install --with-intel=no --with-openmpi=no --with-fftw=install --with-elpa=install 使用BLAS+SCALAPACK+MPICH,这里运行之后屏幕上一定不能出现识别到intel MP...