副本交换分子动力学(REMD)模拟是一种常用的增强采样方法,常用于研究淀粉样蛋白的纤维化聚集等问题。REMD 通过在一系列不同温度的副本之间进行概率交换,从而比传统 MD 具有更强的相空间采样能力。 之前写过 使…
副本交换分子动力学 (REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统的多个副本,并以以下概率随机交换两个副本的完整状态: 其中T1和T2是参考温度和 U1和U2分别是复制品1和复制品2的瞬时势能。这将最高温度的快速采样和频繁的障碍交叉与在...
GROMACS输出的REMD轨迹是系综连续的, 但相对于模拟时间却不连续. 如果需要后者, 可以使用脚本s/demux.pl读取md0.log文件(必要时可以合并多个文件), 生成一些输出文件. 其中之一是.xvg文件(replica_ndx.xvg), trjcat可以使用该文件和原始轨迹文件得到连续轨迹. 另一个文件(replica_temp.xvg)包含了每个副本从原始温度...
基于gromacs的副本交换动力学(REMD) 副本交换分子动力学 (REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统的多个副本,并以以下概率随机交换两个副本的完整状态: 其中T1和T2是参考温度和 U1和U2分别是复制品1和复制品2的瞬时势能。这将最高...
基于gromacs的副本交换动力学(REMD) 副本交换分子动力学(REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统的多个副本,并以以下概率随机交换两个副本的完整状态: 其中T1和T2是参考温度和 U1和U2分别是复制品1和复制品2的瞬时势能。这将最高...
副本交换分子动力学(Replica-Exchange Molecular Dynamics,REMD)是一种在计算上并行处理多个副本的方法,以提高分子动力学模拟的效率。在 REMD 中,系统被分为多个副本,每个副本在独立的计算环境中进行模拟。副本之间通过交换随机抽取的几个粒子来实现相互间的信息传递。这种交换过程有助于减小各副本间的体系差异,从而提高...
副本交换分子动力学(Replica-Exchange Molecular Dynamics,REMD)是一种在计算机上模拟分子系统动力学的方法。这种方法通过在多个副本之间交换构型,有效地提高了系统的取样效率,减少了计算时间和内存需求。副本交换分子动力学广泛应用于生物大分子(如蛋白质)的研究,以及药物设计和材料科学等领域。 3.Gromacs 在分子动力学模...
适用于常PH模拟、REMD等方法。 适合计算能量面,结果比较光滑,真实的水会带来噪音,溶剂的运动、碰撞使主体分子产生许多能量局部极小点。等等…… 总体来说,隐式水模型相对于显式水模型,是一个离散化到连续化的过程。溶剂模型的近似关系如下(越左边越真实,越右边近似程度越大): 显式溶剂模型–>隐式溶剂模型–>明...
gromacsGPU加速 0. 摘要低精度算术对神经网络的训练产生了变革性的影响,减少了计算、内存和能量需求。 然而,尽管它有希望,但低精度算术在高斯过程 (GP) 训练中几乎没有受到关注,这主要是因为 GP 需要复杂的线性代数例程,这些例程在低精度下不稳定。 我们研究了以半精度训练 GP 时可能发生的不同故障模式。 为了规...
最近在做REMD的数据处理，看到文献里有这样的图形我用gromacs不知道怎么制作，所以想请教一下如何实现，...