副本交换分子动力学(REMD)模拟是一种常用的增强采样方法,常用于研究淀粉样蛋白的纤维化聚集等问题。REMD 通过在一系列不同温度的副本之间进行概率交换,从而比传统 MD 具有更强的相空间采样能力。 之前写过 使…
每个目录中的sim.mdp输入文件具有不同的温度,并且已设置为期望继续进行匹配的平衡相模拟。 注意:这里的sim.mdp根据Gromacs 2019的特性进行了修改,与上文使用Gromacs 5.1.5进行REMD模拟时所用的sim.mdp不同。(如果直接把上文的sim.mdp拿来用的话,会出现“Without list, we should have exactly one of v and vec...
gromacs教程REMD 1. 蛋白质准备文件 从蛋白质文件中删除其他链和链,包括水分子(HOH)。在Ubuntu和Windows中,您可以使用vim、notepad++等编辑器。也可以使用以下命令删除hetatom: #linux $ grep -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb #windows findstr -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb 1. 2. 3. 4...
基于gromacs的副本交换动力学(REMD) 副本交换分子动力学 (REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统的多个副本,并以以下概率随机交换两个副本的完整状态: 其中T1和T2是参考温度和 U1和U2分别是复制品1和复制品2的瞬时势能。这将最高...
基于gromacs的副本交换动力学(REMD) 副本交换分子动力学(REMD) 是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统的多个副本,并以以下概率随机交换两个副本的完整状态: 其中T1和T2是参考温度和 U1和U2分别是复制品1和复制品2的瞬时势能。这将最高...
副本交换分子动力学(Replica-Exchange Molecular Dynamics,REMD)是一种在计算机上模拟分子系统动力学的方法。这种方法通过在多个副本之间交换构型,有效地提高了系统的取样效率,减少了计算时间和内存需求。副本交换分子动力学广泛应用于生物大分子(如蛋白质)的研究,以及药物设计和材料科学等领域。 3.Gromacs 在分子动力学模...
适用于常PH模拟、REMD等方法。 适合计算能量面,结果比较光滑,真实的水会带来噪音,溶剂的运动、碰撞使主体分子产生许多能量局部极小点。等等…… 总体来说,隐式水模型相对于显式水模型,是一个离散化到连续化的过程。溶剂模型的近似关系如下(越左边越真实,越右边近似程度越大): 显式溶剂模型–>隐式溶剂模型–>明...
使用的命令是./do_tpr_remd.sh < temperature.txt mdp的内容是define = integrator = md dt = ...
想明白了，我以为最后会得到1个轨迹（全局能量最小点的轨迹），原来REMD跑完以后给出的是每个温度下的...
138 -- 0:18 App 基于gromacs的副本交换动力学(REMD) 150 -- 0:16 App 基于VPSC 8.0的密排六方金属Zr的塑性变形过程模拟 154 -- 0:16 App 基于lumerical fdtd模拟等离子共振吸收的折射率传感器 796 -- 0:20 App Lammps案例-1-Cu拉伸 317 -- 0:46 App 基于FDTD软件模拟MMI结构光谱模拟分析 52...