这一个重复的模拟也产生轨迹文件,重要的是,还产生一个新的ener.edr文件,这个文件中包含了tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能量(库伦相互作用能,范德华相互作用能等)。 第三,再使用g_energy把各个能量项提出来,想要什么提什么。 我在第一步建立新的tpr就出问题了,我的命令是 grompp -f md.mdp -c npt....
g_energy –f md.edr –o fws_pe.xvg 首先要选择输出(*.xvg)的数据。输出文件是一个电子数据表,可以用Xmgr或Grace打 开。它是一个文本文件,在进行一些小的改动后可以用Microsoft Excel打开。 如用上面的命令,你将看到如下结果(你的可能不同): 如计算势能,输入“Potential”,回车 再按一次回车 我们得到一个...
Gromacs命令锦集Gromacs命令锦集.doc,目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件,即index文件,由make_ndx程序生成,文件后缀为.ndx。 索
Gromacs命令锦集.doc,目录 1、make_ndx 2 2、g_traj 3 3、g_energy另外一种用法 3 4、pdb2gmx 3 5、genion 5 6、editconf 6 7、g_rama 6 8、g_cluster 7 9、genbox 7 1、make_ndx Gromacs的索引文件,即index文件,由make_ndx程序生成,文件后缀为.ndx。 索引文件是gromacs
用工具g_energy进行能量分析程序读出能量文件,即扩展名为的文件。模拟过程中生成的 edrg_energy程序将询问需要提取哪些参数,并生成图像。输入以下 命令:g _ Ener-Ener edr-o 温度。xvg该命令将生成一个能量及其参数的列表,存储在。edr能源文件本教程的能量文件可能包含68个参数,每个参数都可以提取和绘制图像。 前九...
(T)可以通过调用能量参数名自动运行能量文件使用“echo”和管道命令(\)实现数据从一个程序到另一个程序的传输,g_energy可以自动响应为了提取多个参数,每个参数分为复制并粘贴,或输入以下命令行来提取其他参数不幸的是,能量参数必须用数字表示Echo150|g_ener---e\Echo200|g_ener--|g_ener---e\逐一查看这些文件...
g_energy程序将会问需要提取什么参数并将产生一幅图像。输入 下面的命令:此命令将产生一列能量及其参量,这些参数存贮在edr能量文件中。本教程的能量 文件可能含有68个参量,每个都可以提取并画出图像。最开始九个对应于力场中的不同能量。还应注意,从第47个开始同时列出了蛋白和非蛋白的参量,及 两者之间的相 9、...
我打算用g_energy算一下蛋白质与基地间的作用能，并且在md.mdp文件里定义了Protein和mem这两个energy...
1. MMPBSA的MM部分对有的体系和Gromacs用g_energy算出来的Coul+LJ几乎一样。但对另外一个体系差别又...
g_energy–f md.edr–o fws_pe.xvg 首先要选择输出(*.xvg)的数据。输出文件是一个电子数据表,可以用Xmgr或Grace打 开。它是一个文本文件,在进行一些小的改动后可以用Microsoft Excel打开。 如用上面的命令,你将看到如下结果(你的可能不同): 如计算势能,输入“Potential”,回车 再按一次回车 我们得到一个平...