(5)生成索引index.ndx文件。 echo q | gmx make_ndx -f solv_ions.gro -o index.ndx (6)建模完成之后会生成solv_ions.gro(用于模拟的坐标信息gro文件),topol.top,posre.itp(位置限制文件),index.ndx。这几个文件是后续模拟必须文件。这里强烈建议每做一步都将生成的gro文件使用pymol等可视化软件打开检查一...
2. 使用make_ndx命令,编写index索引文件,如下: gmx make_ndx -f TCL_box.gro -o index.ndx 3. 对体系进行能量最小化,并运行能量最小化 gmx grompp -f em.mdp -c TCL_box.gro -p top_TCL.top -o em.tpr gmx mdrun -v -deffnm em 能量最小化的mdp文件内容如下,coulombtype此处采用Cut-off ; ...
13、an17-5 g_nmtraj 产生本征模的振荡轨迹17-6 g_anaeig 正态模式分析17-7 g_nmens 从正常模式生成的结构合奏分析命令1 groups in analysis1-1 make_ndx to generate an index file consisting of a series of atom numbers 1-2 mk_angndx to generate an index file with angles or dihedralsdefault...
mdp files其实是一个参数文件,包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-step number of steps tempratures pressure等等的参速 4.index files(ndx) 5.run input file (tpr) 将上面提到的四种文件组合生成tpr文件,也就是 top + gro + mdp + ndx = tpr tpr file包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息 ...
执行genrestr模块,选择新创建的index group(在index_jz4.ndx文件中是group 3)。 gmx genrestr -f jz4.gro -n index_jz4.ndx -o posre_jz4.itp -fc 1000 1000 1000 选择新创建的group3 下一步需要把这个信息包括在拓扑文件中。有几种方式,取决于我们希望使用的条件。这里介绍第一种:如果我们想在无论蛋...
分析命令 1Groups in Analysis 1-1make_ndxTo generate an index file consisting of aseries of atom numbers 1-2mk_angndxTo generate an index filewith angles or dihedrals Default Groups Selections 1-3g_select 2Looking at trajectory 2-1ngmx 3General properties 3-1g_energy 3-2g_traj©...
tpr -f md0_cnt.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt_fit.xtc -fit rot+transSelect group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组统计分布 gmx_mpi spatial -s md0.tpr -f md0_cnt_fit.xtc -n sdf.ndx -nab 80 -b 15000 -e 18000Select group to generate ...
1) generate a new tpr gmx_mpi grompp -f md-metad.mdp -qmi Qmmm-metad_cp2k.inp -p actin.top -c em-qmmm.gro -n index.ndx -o Qmmm-metad.tpr 2) write a plumed.dat file ### # define atoms for dist d1: DISTANCE ATOMS=5829,6256 d2:DISTANCE ATOMS=5829,5832 m: MATHEVAL ARG...
分析命令 1Groups in Analysis 1-1make_ndxTo generate an index file consisting of aseries of atom numbers 1-2mk_angndxTo generate an index filewith angles or dihedrals Default Groups Selections 1-3g_select 2Looking at trajectory 2-1ngmx 3General properties 3-1g_energy 3-2g_traj©...
gmx spatial -s md.tpr -f rot+trans.xtc -n index.ndx -nab 300 Select group to generate SDF时选择要统计SDF的组, Select group to output coords (e.g. solute)时选择中心分子组 2作图 将gOpenMol解压后,进入D:\gOpenMol-3.00\bin目录下,双击rungOpenMol.bat文件,即可打开gOpenMol的可视页面。