程序make_ndx用来生成组(你想分析的某些特定原子或残基的ID标签)。Gromacs缺省已经定义了一些组,普通分析可能够用了。但如果你想深入分析,则要用make_ndx程序标注模型中的特定项。 如何使用make_ndx建立索引文件(ndx)。为了固定某些特定组,或获得一些能量信息,可以用make_ndx指定这些组。我们来看一个固定蛋白N端和C...
gromacs命令测试1-gmx make_ndx建立索引 关于大家对理论基础的不感兴趣 以及只想关心软件操作命令 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出 如有愿意也可一同参加 整理内容看参与者心情 希望大家帮忙转发及分享 后续该资料加微信并转发领取 资料都是免费的...
make_ndx自动把原子安装从低到高进行了排序,所以前面的计算结果对应的是”受体—供体—氢原子“,hbond计算的角度也就是这个角度。这个角度小于30度,也可以说明氢键的形成。如果想得到”供体—氢原子—受体“的角度,需要手动编辑索引组文件,把对应的原子重新排序。然后用这个新的索引文件重新运行angle,此时计算得到的角...
(8)gmx rms(RMSD):-tu(时间单位)-s(tpr文件输入)-f(xtc输入)-o(输出xvg文件) (9)gmx make_ndx(创建索引组)-f(输入gro文件)-o(输出ndx文件) 暂时就这样,内容还不够完善,之后慢慢修补,如有幸有人看到,发现错误,麻烦告诉我下,进行修改,up主是个初初学者,学的还很浅显,如有错误,望海涵。
那么如果拿到一个没有链标识符的PDB坐标文件或GRO文件,该怎么办呢?那么要先使用make_ndx将不同链的残基选作不同的分子组(group),然后使用editconf将不同组输出成带链标识符的PDB文件,命令如: editconf -f File.pdb(/File.gro) -n indenx.ndx -o chian_A.pdb -lable A ...
make_ndx是交互式程序，根本不应当以提交方式运行 直接运行gmx make_ndx，手动敲命令 诸如此类根本没有...
通常用 make_ndx建立索引组供grompp程序调用。 在本例中,我们有一个三螺旋的胶原蛋白结构文件,进行位置限制动力学模拟,我们想固定N 端和 C端来进行模拟。首先,确定结构文件(clg_b4md.pdb )的 N端和 C端残基号。用如下简单命令: make_ndx –f clg_b4md.pdb –o clg_ter.ndx 你将看到如下输出信息(我们...
通常用 make_ndx建立索引组供grompp程序调用。 在本例中,我们有一个三螺旋的胶原蛋白结构文件,进行位置限制动力学模拟,我们想固 定N端和C端来进行模拟。首先,确定结构文件(clg_b4md.pdb )的N端和C端残基号。用如 下简单命令。 make_ndx –f clg_b4md.pdb –o clg_ter.ndx 11 GROMACS 教程 你将看到...
在做结果分析的时候，经常要用到make_ndx这个命令进行分组，有哪位大神能详细说明下这个命令如何使用呢?
ndx是怎么生成的呀？ 先用make_ndx通过.gro文件生成.ndx,然后再用g_rms 命令后加上-n *.ndx就...