这一小段多肽是作为Protein_chain_B与受体蛋白作为一个整体进行的模拟，但是在使用gmx make_ndx指令进行...
通过gmx_make_ndx指令将蛋白和配体组合并保存之后生成的index.ndx文件中有Pro_Ligand的Group 18数据 但是...
指令是: make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。指令为:g_msd -f nvt_noPBC.xtc -s nvt.tpr -n -o msd.xvg也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的 21、...
指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。因此我使用过...
指令是: make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx 最后,可以利用函数g_msd 记行 来 MSD记 time 的作记。 指令记:g_msd -f nvt_noPBC.xtc -s nvt.tpr -n -o msd.xvg 也可以记便记算记散系 ,具 的建记直接上 去记 数体网找g_msd 等其他function 的使用方法,或者甚至仔记 究里 研 ...
参考网站:http://.gromacs/Downloads 第二步:进行安装按照以下指令: tarxfzgromacs-4.6.5.tar.gz cdgromacs-4.6.5 mkdirbuild cdbuild cmake..-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON make sudomakeinstall 参考资料:http://.gromacs/Documentation/Installation_Instructions 第三步:添加环境变量 在我的文件夹里,比如说home...
指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。因此我使用过...
指令是:?make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。指令为:g_msd -f nvt_noPBC.xtc -s nvt.tpr -n -o msd.xvg也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。
指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其他function的使用方法,或者甚至仔细研究里面的程序,gmx功能相当强大,可以计算非常多的东西。因此我使用过...
gyrate指令时，是不是需要加上-n index 这个选项？但是我在模拟之前已经通过gmx make_ndx指令建立了...