限制文件itp: 官方手册中genrestr部分 用要位置限制的分子的pdb或gro文件用gmx genrestr命令生成对应分子的位置限制itp文件: gmx genrestr -f 1.pdb -o 1_restrat.itp -fc 1000 1000 1000 (相当于用一个很大的限制势限制分子的运动,导致分子的结构和坐标基本不发生不变化) 选取要限制的组,生成限制分子的itp...
> q 然后,执行genrestr模块,然后选择刚才得到的索引组(在index_jz4.ndx文件是group 3): gmx genrestr -f jz4.gro -n index_jz4.ndx -o posre_jz4.itp -fc 1000 1000 1000 然后把得到的信息添加到拓扑文件中。根据不同的环境条件有几种不同的添加方法。如果仅仅是想约束配体分子而不管蛋白质有没有约...
四、限制复合物及体系平衡 1. 限制复合物:通过genrestr创建位置限制文件,定义位置限制。 2. NVT平衡 3. NPT平衡 五、成品模拟 六、分析 1. 执行energy模块计算蛋白质-配体相互作用 2. 执行rms模块,计算RMSD 最后,需要相关培训或者项目合作欢迎通过公众号“320科技工作室”联系我们。
aH*>q 然后,执行genrestr模块,选择新创建的index group(在index_jz4.ndx文件中是group 3)。 gmx genrestr-f jz4.gro-n index_jz4.ndx-o posre_jz4.itp-fc100010001000 现在,我们需要把这个信息包括在我们的拓扑文件中。有几种方式,取决于我们希望使用的条件。如果我们想在无论蛋白是否被限定的条件下对配体...
执行genrestr模块,选择新创建的index group(在index_jz4.ndx文件中是group 3)。 gmx genrestr -f jz4.gro -n index_jz4.ndx -o posre_jz4.itp -fc 1000 1000 1000 选择新创建的group3 下一步需要把这个信息包括在拓扑文件中。有几种方式,取决于我们希望使用的条件。这里介绍第一种:如果我们想在无论蛋...
然后,执行genrestr模块并选择此新创建的索引组(在index_jz4.ndx文件中将是组3): gmx genrestr -f jz4.gro -n index_jz4.ndx -o posre_jz4.itp -fc 1000 1000 1000 现在,我们需要将此信息包括在拓扑中(topol.top)。 我们可以根据希望使用的条件以几种方式进行此操作。 如果我们只是想在蛋白质也被限制...
二、定义盒子,添加溶剂及离子 三、能量最小化 四、限制复合物及体系平衡 1. 限制复合物:通过genrestr创建位置限制文件,定义位置限制。 2. NVT平衡 3. NPT平衡 五、成品模拟 六、分析 1. 执行energy模块计算蛋白质-配体相互作用 2. 执行rms模块,计算RMSD...
gmx genrestr -f drug_name -fc 1000 1000 1000 -o posre_lig.itp 复制代码 将生成的位置限制的...
三、能量最小化 四、限制复合物及体系平衡 1. 限制复合物:通过genrestr创建位置限制文件,定义位置限制。 2. NVT平衡 3. NPT平衡 五、成品模拟 六、分析 1. 执行energy模块计算蛋白质-配体相互作用 2. 执行rms模块,计算RMSD 公众号“320科技工作室”
1-1pdb2gmxPDB文件转换到拓扑文件(.top)和坐标文件(.gro) 1-2g_x2top从坐标文件(.gro)生成一个原始拓扑文件(.top) 1-3editconf编辑盒子及写入子组(subgroups) 1-4genbox体系溶剂化 1-5genion加入抗衡离子 1-6genconf增加一个随机方向的构象 1-7genrestr生成索引组的位置限制或距离限制 1-8g_protonate质子...