(6)建模完成之后会生成solv_ions.gro(用于模拟的坐标信息gro文件),topol.top,posre.itp(位置限制文件),index.ndx。这几个文件是后续模拟必须文件。这里强烈建议每做一步都将生成的gro文件使用pymol等可视化软件打开检查一下,防止建模出错。 em,nvt,npt,md (1)能量最小化(em)能量最小化输入文件em.mdp如下所示...
itp文件 [moleculetype] 下的Name改为 *ZIN,* 为对应的配体编号,[atoms] 部分的resid也需要对应修改;对应的gro文件里的分子命名也相应改为 *ZIN 。 可使用如下命令进行修改: sed -i "s/ZIN/1ZIN/g" ligand_1.itp sed -i "s/ZIN/2ZIN/g" ligand_2.itp sed -i "s/ZIN/3ZIN/g" ligand_3.itp ...
向盒子中添加溶剂之后,我们得到了一个带电荷的溶液体系,因此必须进行中和。GROMACS中添加离子的指令是genion(我把它理解成generate-ion的缩写),但是不巧的是genion需要的输入文件为tpr文件。跟前面一样,这需要grompp(GROMacs Pre-Processor)来产生。grompp可以处理坐标文件和拓扑(描述分子的文件)从而产生原子级别的输入文...
vel = yes ; assign velocities from Maxwell distributiongen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distributiongen_seed = -1 ; generate a random seed下面输入以下命令执行NVT平衡：gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tprgmx mdrun -deffnm nvt ...
After getting the input PDB structure ready, we can execute the firstGROMACSmodule,pdb2gmxto convert the PDB file into a GROMACS specific molecular geometry file format (.gro), the topology file (.top) and position restraint file (.itp). For the simulation of TK, we worked with the OPLS...
-i:(output)不太常用,指定itp文件,官方文档中说Include file for topology,一般是指posre文件。 -n:(output):index文件 -q:先不管它 一些常见指令: -ff:指定力场,如果不使用这个选项,运行后会让你选择力场。 -water:指定水模型,none, spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p ...
首先用Methyl_benzoate.mol2通过Sobtop生成了.gro、.top、.itp文件，然后按照图一所示命令进行分子模拟，...
获得一个压缩包，使用其中的SDS_GMX的SDS_GMX.gro，SDS_GMX.top,和SDS_GMX.itp三个文件 ...
3.Generate the JZ4 Topology with CGenFF web severhttps://cgenff.umaryland.edu/you will have a .str file 4. Convert the formtate of .str file to the formate of .itp filehttps://cgenff.umaryland.edu/commonFiles/utility.php
ITP文件:分子拓扑文件(.itp)。被主拓扑文件(.top)包含的分拓扑文件,一般包含某个特定分子的类型。于主拓扑文件区别有它不引用其他力场文件,同时包含[system],[molecule]等拓扑字节。 M2P文件:xpm2ps程序配置文件,定义输出eps文件中颜色,字体种类及大小等。 MDP文件:GROMACS的模拟配置文件(.mdp)。该文件所含定义...