GROMACS模拟分析-自由能形貌图的绘制 自由能形貌(free energy landscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制,例如RMSD和Rg,也有文献中用主成分分析PC1和PC2绘制。本文以RMSD和Rg两个特征量绘制为例。 1. 获得蛋白质骨架的RMSD和Rg数据rmsd.xvg和rg.xvg。
自由能形貌绘制 1. 自由能形貌图(free energy landscape,FEL) 自由能形貌图,就是用一张图来表示分子的构象自由能的变化。比如文献中常见的这类图: 图上不同的能量洼地表示不同的低能量构象。这种自由能景观图表征的是构象的相对自由能而非绝对自由能。一般可以通过两个描述体系特征的量来进行绘制,如这里的两个片...
自由能形貌(free energy landscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制,例如RMSD和Rg,也有文献中用主成分分析PC1和PC2绘制。本文以RMSD和Rg两个特征量绘制为例。 1. 获得蛋白质骨架的RMSD和Rg数据rmsd.xvg和rg.xvg。 对rmsd.xvg和rg.xvg文件进行处理,...
GROMACS模拟分析-自由能形貌图的绘制 自由能形貌(free energy landscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制,例如RMSD和Rg,也有文献中用主成分分析PC1和PC2绘制。本文以RMSD和Rg两个特征量绘制为例。 1. 获得蛋白质骨架的RMSD和Rg数据rmsd.xvg和rg.xvg。
自由能形貌(free energy landscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制,例如RMSD和Rg,也有文献中用主成分分析PC1和PC2绘制。本文以RMSD和Rg两个特征量绘制为例。 1. 获得蛋白质骨架的RMSD和Rg数据rmsd.xvg和rg.xvg。
自由能形貌图(FEL,free energy landscape)可以表征物质在模拟过程中经历的自由能的变化。通过计算蛋白质和配体复合物的自由能形貌图可以给抽提复合物的特征构象提供指导。同时蛋白质在模拟的稳定时期的自由能形貌图可以表征蛋白质构象的稳定性。 FEL在GROMACS中利用两个变量来进行表示,通常是分子的回旋半径和均方根误差...
同样还可以利用上述命令,提取体系potential、total-energy等参数信息进行分析。 轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况,需要校正模拟体系的周期性。 首先将蛋白质和配体组合为一组,保存为 prolig_center.ndx,在其末尾添加如下内容: [ center ] 500
同样还可以利用上述命令,提取体系potential、total-energy等参数信息进行分析。 轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况,需要校正模拟体系的周期性。 首先将蛋白质和配体组合为一组,保存为 prolig_center.ndx,在其末尾添加如下内容: [ center ] 500
2022-06-25 11:40:24 FEL是什么？自由能形貌图，Free energy landscape 发自小木虫IOS客户端 ...
[2]Sang P, Du X, Yang L Q, et al. Molecular motions and free-energy landscape of serine ...